Diện tích luồng lạch rộng hơn 208.000m2. Cảng được thiết kế với 3 bến, công suất thiết kế từ 800 - 1.000 tàu. Hiện có khoảng 100 - 200 tàu thuyền ra vào mỗi ngày. Luồng ra vào bến cá đang bị sa bồi ngày càng nghiêm trọng, khiến các tàu ra vào rất khó khăn mỗi khi thủy triều xuống. Nhiều tàu đã bị mắc cạn, bị đắm, hỏng khi cố vượt qua luồng.
Các tàu sau chuyến biển trở về bến để làm hậu cần, không đưa được tàu vào bến cá, họ phải thuê chỗ đậu tại bến cảng của Khu du lịch quốc tế Hòn Dấu hoặc các bãi tắm, khu nghỉ dưỡng... Không chỉ phải chịu giá thuê không hề rẻ, ngư dân còn phải toát mồ hôi xoay xở khi các điểm neo đậu này không có các dịch vụ hậu cần nghề cá.
Không chỉ thế, mỗi khi mưa bão, bến cá Ngọc Hải còn là nơi tránh trú của hàng nghìn tàu thuyền của Hải Phòng và các địa phương khác, trong đó nhiều tàu công suất lớn từ 600 - 900CV. Nếu đúng lúc thủy triều xuống thì nhiều tàu không thể vào được bến.
Ngay cả hoạt động cứu hộ cứu nạn cũng gặp khó. Vào cuối năm 2015, có một tàu cá của ngư dân phường Ngọc Hải gặp nạn tại khu vực đảo Bạch Long Vĩ. Tàu báo tin về từ sáng, mọi phương tiện đã sẵn sàng đi cứu hộ nhưng gặp thủy triều xuống, tàu đành nằm chờ. Đến cuối giờ chiều, khi thủy triều lên, tàu cứu hộ mới ra khỏi được bến cá. Rất may tàu bị nạn không gặp phải sự cố nghiêm trọng.
Ngư dân rất mong chính quyền và cơ quan chức năng sớm tổ chức nạo vét luồng ở bến cá Ngọc Hải để sản xuất không bị đình trệ và ngư dân yên tâm bám biển.
