Quy trình bàn giao được thực hiện theo Quyết định số 441/QĐ-TTg ngày 28/3/2014 của Thủ tướng Chính phủ, để tổ chức lại trường thành Học viện Nông nghiệp Việt Nam.
Theo đó, hai Bộ thống nhất bàn giao và tiếp nhận nguyên trạng trường ĐH Nông nghiệp Hà Nội gồm: tổ chức cán bộ, tài chính và tài sản, cơ sở vật chất, trang thiết bị, các chương trình, dự án đào tạo, nghiên cứu khoa học công nghệ, và các nguồn lực khác.
Hai Bộ cũng nhất trí tạo điều kiện hoặc đề xuất các cơ quan có thẩm quyền tăng cường đầu tư về nguồn lực tài chính, cơ sở vật chất; tiếp tục giao quyền tự chủ về tổ chức bộ máy, nhân sự về đào tạo, nhân sự, nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ và hợp tác quốc tế để xây dựng Học viện Nông nghiệp Việt Nam.
Thứ trưởng Bộ NN-PTNT Trần Thanh Nam cho biết: Việc tổ chức, xây dựng trường ĐH Nông nghiệp Hà Nội thành Học viện Nông nghiệp Việt Nam nhằm biến Học viện trở thành cơ quan nghiên cứu chuyển giao công nghệ hàng đầu của Việt Nam trên lĩnh vực trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản và phát triển nông thôn. Bộ NN-PTNT sẽ tạo mọi điều kiện thuận lợi về cơ chế chính sách, đặc biệt là quyền tự chủ để trường phát huy tối đa hiệu quả hoạt động của mình.