Theo đó, Tổng cục Thủy sản là tổ chức trực thuộc, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ NN-PTNT quản lý nhà nước và tổ chức thực thi pháp luật về thủy sản trong phạm vi cả nước. Đồng thời, Tổng cục Thủy sản còn có nhiệm vụ khác như tổ chức thực hiện các hoạt động dịch vụ công về thủy sản theo quy định của pháp luật…
Cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thủy sản có 11 đơn vị gồm: Vụ Kế hoạch, Tài chính; Vụ KH-CN & hợp tác quốc tế; Vụ Pháp chế, Thanh tra; Vụ Bảo tồn & phát triển nguồn lợi thủy sản; Vụ Nuôi trồng thủy sản; Vụ Khai thác thủy sản; Văn phòng Tổng cục (có đại diện tại TP.HCM); Cục Kiểm ngư (có các Chi cục Kiểm ngư vùng); Trung tâm Đăng kiểm tàu cá; Trung tâm Khảo nghiệm, Kiểm nghiệm, Kiểm định nuôi trồng thủy sản và Trung tâm Thông tin thủy sản. Tổng cục Thủy sản có Tổng Cục trưởng và không quá 3 Phó Tổng cục trưởng.
Tổng cục Thủy lợi thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ NN-PTNT quản lý nhà nước và tổ chức thực thi pháp luật về thủy lợi, đê điều, phòng, chống thiên tai và nước sạch nông thôn trong phạm vi cả nước. Đồng thời, Tổng cục Thủy lợi còn có nhiệm vụ tổ chức thực hiện các hoạt động dịch vụ công về thủy lợi, đê điều, phòng, chống thiên tai và nước sạch nông thôn theo quy định của pháp luật…
Cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thủy lợi có 11 đơn vị như Tổng cục Thủy sản, chỉ khác ở các cục, vụ chuyên môn như: Vụ Quản lý xây dựng cơ bản; Vụ Quản lý nguồn nước & nước sạch nông thôn; Vụ Quản lý công trình thủy lợi & an toàn đập; Vụ Quản lý đê điều; Cục Phòng, chống thiên tai (có Chi cục Phòng, chống thiên tai miền Trung và Tây Nguyên và Chi cục Phòng, chống thiên tai miền Nam); Trung tâm Phòng, tránh và giảm nhẹ thiên tai và Trung tâm tư vấn & chuyển giao công nghệ thủy lợi.
Tổng cục Lâm nghiệp có 9 tổ chức giúp việc thực hiện chức năng quản lý nhà nước và 5 Vườn quốc gia gồm: Vụ Kế hoạch, Tài chính; Vụ KH-CN & hợp tác quốc tế; Vụ Pháp chế, Thanh tra; Vụ Bảo tồn thiên nhiên; Vụ Phát triển rừng; Vụ Quản lý sản xuất Lâm nghiệp; Văn phòng Tổng cục; Cục Kiểm lâm (có các Chi cục Kiểm lâm: Vùng I, II, III, IV); Cơ quan quản lý CITES Việt Nam (có đại diện CITES phía Nam tại TP.HCM). Tổng cục Lâm nghiệp quản lý các Vườn quốc gia Tam Đảo, Ba Vì, Cúc Phương, Bạch Mã, Cát Tiên và Yok Don.