Cụ thể là Vụ Tài chính (Bộ NN-PTNT) sẽ chủ trì kiểm tra toàn bộ các loại phí, lệ phí trong ngành NN-PTNT, phát hiện các chồng chéo, bất hợp lý, đề xuất sửa đổi và báo cáo Bộ trưởng kết quả kiểm tra trước ngày 15/2/2015.
Bộ trưởng cũng giao Vụ Tài chính chủ trì phối hợp với Cục Thú y và cơ quan liên quan của Bộ Tài chính đề xuất sửa đổi các Thông tư liên quan quy định chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí, lệ phí trong công tác thú y, hoàn thành dự thảo trước 15/2/2015.
Thực tế, liên quan đến vấn đề phí và lệ phí mà các doanh nghiệp, người dân phản ánh đã được Bộ trưởng Cao Đức Phát nhiều lần chỉ đạo các cơ quan chức năng thuộc Bộ rà soát và đề xuất sửa đổi những quy định không phù hợp; cụ thể mới đây nhất, tại cuộc họp giao ban trung tuần tháng 12/2014, Bộ trưởng đã yêu cầu phải dẹp bỏ những quy định về phí và lệ phí không đúng đắn.
Ông cũng yêu cầu các “tư lệnh” ngành như: Thú y, BVTV, Quản lý chất lượng nông, lâm, thủy sản phải tham mưu cho Bộ hai việc: một là cắt bỏ những giấy phép bất hợp lý; hai là cắt giảm thời gian, chi phí cho doanh nghiệp. "Tôi yêu cầu trong tháng này phải thay đổi, chấm dứt việc phi lý như vậy” – Bộ trưởng nhấn mạnh.