Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện xã Cao Viên đã mắc phải một số sai phạm, vi phạm quy chế dân chủ, không thực hiện đúng quy trình, trình tự cách làm về xây dựng NTM theo văn bản hướng dẫn của Sở NN-PTNT Hà Nội.
Địa phương làm chưa tốt công tác tuyên truyền, thực hiện dân chủ công khai. Một số cán bộ, đảng viên từ xã tới thôn nhận thức chưa đúng đắn về vai trò trách nhiệm, chưa thực sự đoàn kết thống nhất cao, chưa nêu cao tính tiên phong, gương mẫu.
Chính vì thế mà công tác thực hiện không nhận được sự đồng thuận của người dân. Hiện tại, các thôn Đống, thôn Vỹ, thôn Trung và thôn Đàn Viên còn một số hộ dân chưa đồng tình nhận ruộng để SX.
Trên cơ sở các kiến nghị của người dân, ông Lê Thiết Cương, Chi cục trưởng Chi cục PTNT Hà Nội đã định hướng phải kiện toàn lại Ban chỉ đạo DĐĐT của xã và các tiểu ban ở thôn theo đúng quy chế dân chủ. Thực hiện DĐĐT tại 4 thôn theo đúng trình tự quy định tại hướng dẫn số 29 của Sở NN-PTNT.
Nghiên cứu, rà soát các chính sách hiện hành và các tài liệu có liên quan đến việc bỏ ruộng không SX, trả lời nội dung của người dân đề nghị bồi thường về kinh tế do không SX vụ chiêm xuân theo thẩm quyền, báo cáo Ban chỉ đạo thành phố.