Nhiệm vụ của Đoàn là kiểm tra đột xuất các đơn vị thực hiện các văn bản chỉ đạo của UBND TP Hà Nội trong quá trình thực thi công vụ; thực hiện Quy chế văn hóa công sở; các quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, nội quy, quy chế làm việc của cơ quan, đơn vị.
Đoàn cũng kiểm tra quy tắc ứng xử, quy tắc đạo đức nghề nghiệp của cán bộ, công chức, viên chức; quy định về nghĩa vụ, những việc cán bộ, công chức, viên chức không được làm; thực hiện cơ chế “một cửa, một cửa liên thông” trong tiếp nhận, giải quyết thủ tục hành chính đối với tổ chức và cá nhân, trọng tâm là các lĩnh vực tài nguyên môi trường, xây dựng đô thị, giao thông vận tải, văn hóa - du lịch.