Hầu hết những vùng trồng cam quýt ở ĐBSCL là những vùng đất thấp, vào mùa mưa lũ mực thủy cấp rất cao, dễ làm cho cam quýt bị chết do bị úng nước. Để hạn chế tác hại của ngập úng với cây cam quýt, ngoài việc đào mương lên liếp, làm bờ bao xung quanh vườn, để kịp thời bơm nước ra khỏi vườn khi cần thiết, ở một số nơi bà con còn tiến hành như sau:
- Đắp mô: Để tăng cường thêm độ cao từ bộ rễ tới mực thủy cấp cao nhất trong năm, sau khi đã lên liếp cao bà con còn đắp mô cao rồi mới trồng cây lên những mô đó. Sau khi trồng khoảng 6 tháng thì dùng đất tốt đắp phụ thêm vào xung quanh chân mô để rễ mọc dài thêm và cứ khoảng 6-7 tháng sau lại bồi thêm chân mô một lần. Từ năm thứ 3 trở đi bồi thêm mặt liếp mỗi năm cao khoảng 2-3 cm bằng bùn mương, đất phù sa hoặc đất mặt ruộng đã được phơi khô.
- Đôn gốc: Cam quýt trồng bằng hạt hay gốc tháp có rễ cọc ăn sâu dễ bị ảnh hưởng bởi nước ngầm. Để khắc phục tình trạng này ở Cần Thơ bà con có kinh nghiệm đôn gốc hoặc chặt bớt rễ cọc bằng cách sau khi trồng khoảng một năm, vào đầu mùa mưa bứng gốc lên, đắp thêm đất tốt để nâng cao mặt mô rồi trồng cây trở lại lên trên đó. Có chủ vườn không bứng gốc mà moi đất để chặt bớt rễ cọc nằm ngang gần sát mặt đất rồi bồi thêm đất vào (để rễ ăn cạn trên mặt đất) sau đó tưới nước và chăm sóc bình thường.
- Trồng nghiêng cây: Ở Châu Thành (Tiền Giang) bà con lại có kinh nghiệm trồng nghiêng cây, bằng cách khi trồng đặt cây nằm nghiêng một góc khoảng 30 độ so với mặt đất, như vậy sẽ tạo cho rễ cọc nằm ở vị trí gần mặt đất hơn, sau này rễ sẽ ăn cạn trên mặt đất. Do tính hướng quang của cây, theo thời gian cây sẽ dần dần mọc thẳng trở lại, hoặc những tược mọc ra sau này sẽ mọc thành cây thẳng đứng.
- Trồng bằng nhánh chiết: Do không có rễ cọc, cây được trồng từ nhánh chiết sẽ có bộ rễ ăn cạn hơn cây được trồng bằng hạt hay gốc ghép, do đó bộ rễ ít bị ảnh hưởng bởi nước ngầm hơn.
