Ngày 17/8/1945, khi Hà Nội đang sục sôi chuẩn bị tổng khởi nghĩa thì lũ trên sông Hồng đạt 11,68 m. Bị bao vây bởi bốn bức tường nước nhưng Hà Nội vẫn bình tĩnh thành lập Chính phủ lâm thời, tổ chức lễ Tuyên ngôn độc lập với cuộc mít tinh diễu hành có mấy chục vạn người tham gia.
Trong lúc chính quyền cách mạng non trẻ bị các lực lượng thù địch chống phá dữ dội, ngân khố thì trống rỗng mà trận lụt đã làm 312.000 ha mất trắng, cần 80 vạn m3 đất để hàn khẩu ngay cho 52 chỗ đê bị vỡ. Thế mà, chỉ 20 ngày sau, toàn bộ công tác hàn khẩu đã xong, 100% là lao động tự nguyện, trong đó phải kể đến đội ngũ kỹ sư, tham sự công chính.
Ngày 11/10/1945, Chính phủ lâm thời họp phiên toàn thể bàn về tu bổ đê, quyết dốc hết ngân khố, kêu gọi nhân dân góp tiền của và công sức sửa sang đê. Cuộc họp vừa kết thúc thì Chủ tịch Hồ Chí Minh đã cùng Bộ trưởng Giao thông công chính Đào Trọng Kim xuống ngay công trường động viên đồng bào.
Từ tháng 9/1945 đến 12/1945, Chính phủ đã có 4 cuộc họp về thủy lợi, từ đầu 1946 đến 22/5/1946 trước lúc sang Pháp, Chủ tịch Hồ Chí Minh còn chủ trì 4 cuộc họp có bàn về thủy lợi.
Hưởng ứng lời kêu gọi “diệt giặc đói” của Chủ tịch Hồ Chí Minh, nhân dân cả nước đã hăng hái đắp đê, làm thủy lợi, gia tăng sản xuất, chặn đứng được nạn đói ngấp nghé.
Kháng chiến toàn quốc bùng nổ, thực dân Pháp dã man tàn phá các công trình thủy lợi. Mật lệnh 48/ZN ngày 11/1/1952 của Vullemey, chỉ huy quân viễn chinh Pháp lệnh “Phải phá một cách có hệ thống các đập nước và tất cả các phương tiện tưới ruộng”.
Ngày 12/6/1952, Pháp ném bom phá đập Thác Huống, ngày 29/6/1952 phá cống Vạn Già, ngày 20/9/1952 giữa lúc lụt, quân Pháp phá đê Bắc Ninh. Cũng trong tháng 6/1952, Pháp ném bom đập điều tiết sông Chu. Tháng 7/1952, Pháp thả thủy lôi đánh sập đập Bái Thượng. Từ khoảng giữa nửa đầu năm 1952, chúng phá cống ngăn mặn Bến Thủy, đánh bom cống Nam Đàn, phá trạm bơm Đô Lương, đánh bom tuynel Hiệp Hòa, tháng 6/1952 đánh sập cầu máng Phú Yên… Cho đến năm 1954, hệ thống thủy nông toàn quốc hầu như bị phá hủy, làm cho nạn lụt lội, hạn hán các năm 1952,1953, 1954 rất trầm trọng, diện tích tưới từ 227.500 ha tụt xuống chỉ còn 26.200 ha.
Tuy bị đánh phá dữ dội, thiệt hại nặng nề nhưng toàn dân, không kể vùng kháng chiến hay tạm chiếm, không hề nao núng, vẫn nỗ lực làm thủy lợi nhỏ nên đã phần nào hạn chế thiệt hại, vẫn có đủ lương thực cung ứng cho các mặt trận làm nên “Điện Biên chấn động địa cầu”.
Niềm vui thắng lợi sẽ vô bờ nếu không có sai lầm trong cải cách ruộng đất. Hàng loạt cán bộ thủy lợi, nhiều người là trưởng, phó ty bị tống giam nhưng may sao Bộ trưởng Giao thông công chính Trần Đăng Khoa, cùng hàng chục tham sự là dân “anh hai Nam Bộ” tập kết, lại có thêm vài chục tham sự khác mải mê theo kháng chiến không về quê nên không bị đội bắt. Ngoài ra Bộ trưởng Trần Đăng Khoa còn vào tận nhà tù Nghệ An, đưa Nguyễn Văn Nho, nguyên trưởng ty công chính Nghệ An ra khỏi cửa sắt, vào Cẩm Xuyên, Hà Tĩnh đưa Nguyễn Văn Dụ, nguyên chỉ huy thi công tuynel Hiệp Hòa đang vật vờ kiếm sống ở chợ… lên các công trường.
Chỉ với đội ngũ cán bộ kỹ thuật ít ỏi, không có thiết bị kỹ thuật mà chỉ trong một thời gian ngắn (đến 1955), các công trình bị Pháp phá hủy đều dần được khôi phục, diện tích tưới lên lại 202.374/227.250 ha. Số Báo Nhân Dân ra ngày 10/1/1955 đăng bài của Chủ tịch Hồ Chí Minh với bút danh CB “Nửa đêm 17/12/1954, nước bắt đầu chảy vào nông giang (đập Bái Thượng) trước sự hoan hô rầm trời của ngót một vạn người đã ra sức lao động”.
Năm 1958, sản xuất nông nghiệp nói chung và thủy lợi nói riêng đã vượt mức trước chiến tranh. Tuy nhiên so với yêu cầu phòng chống thiên tai thì hãy còn kém. Nghị quyết 63 của Bộ Chính trị đưa ra mục tiêu “thắng được hạn hán, úng, bão, xâm nhập mặn và lụt lớn”. Công trình đại thủy nông Bắc Hưng Hải được chọn làm đột phá.
Với giúp đỡ của Trung Quốc, từ tháng 6/1956, công trình được khảo sát thiết kế với nhiệm vụ tưới tiêu cho 156.000 ha. Ngày 27/8/1958, Chính phủ họp và quyết định đầu tư, chọn lựa một ban chỉ huy gồm các cán bộ Quân, Dân, Chính, Đảng cao cấp có uy tín đứng đầu là ông Hà Kế Tấn, Tư lệnh Sư đoàn 350. Ngày 1/10/1958, Thủ tướng Phạm Văn Đồng đã bổ nhát cuốc đầu tiên khởi công công trình. Trong thời gian thi công, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã xuống động viên và kiểm tra 4 lần: “Bây giờ chịu khó phấn đấu trong mấy tháng. Sau này sẽ hưởng hạnh phúc lâu dài hàng trăm năm”.
Ngày 6/1/1959, nước sông Hồng đã đổ vào đồng Bắc Hưng Hải, ngày 19/5/1959, các hạng mục giai đoạn 1 được hoàn thành, đào đắp 2.700.000 m3 đất, đổ bê tông 7.500 m3...
Đại thủy nông Bắc Hưng Hải đem lại lợi ích to lớn cho nhân dân 3 tỉnh Bắc Ninh, Hưng Yên và Hải Dương và niềm phấn khởi cho toàn dân, chỉ tiếc sao không dịch cửa kênh lấy nước 50 m thì làng gốm cổ kính Bát Tràng đã được bảo tồn. Đồ án được thiết kế từ Bắc Kinh, chuyên gia Trung Quốc chỉ đạo kỹ thuật, kỹ sư Việt Nam chỉ biết thực hiện.
Giữa năm 1958, bà Tiền Chính Anh, Thứ trưởng Bộ Thủy lợi Trung Quốc sang thăm. Với khuyên nhủ của bà, nghị quyết kỳ họp 14, Khóa II của Ban Chấp hành Trung ương về kế hoạch 3 năm có đoạn “Phương châm giữ nước là chính, thủy lợi nhỏ là chính, dân làm là chính”. Từ phương châm “3 chính” đấy, một loạt công trình chuẩn bị đầu tư bị đình hoãn, lực lượng lao động ngành thủy lợi chỉ còn dân công; giải thể các đội kỹ thuật thợ sắt, thợ mộc, thợ xây; không mua sắm trang thiết bị để phục vụ cho khảo sát thiết kế, kỹ sư, kỹ thuật viên được huy động phục vụ phong trào đào ao, giếng.
Báo cáo tổng kết ngành thủy lợi 1958 ghi “đắp được 5.788 km đường khuyến nông, đào được 117.594 ao, giếng, tát được 4.270.000 ngày công, gánh được 13.037.740 gánh nước”. May sao, năm 1959, ông Hà Kế Tấn trong phái đoàn thủy lợi Việt Nam thăm Trung Quốc, khi thấy Trung Quốc không thực hiện “3 chính” như Việt Nam bèn hỏi và được Thứ trưởng Tiền Chính Anh giải thích “công trình nhỏ là ở Việt Nam, còn Trung Hoa rộng lớn thì không thể”. Đoàn về báo cáo lại với Trung ương Đảng và Chính phủ, từ đó thay đổi chuyển thành phương châm 3 kết hợp.
