Qua xem xét báo cáo của Bộ KH- ĐT, Bộ Tài chính, Bộ TN- MT và UBND tỉnh Hà Tĩnh, Thủ tướng Chính phủ đã có ý kiến chỉ đạo: Tiếp tục giữ nguyên quy định thời hạn là 70 năm trong Giấy chứng nhận đầu tư đã cấp cho dự án của Cty Formosa; giữ nguyên tiền thuê đất, thuê mặt nước mà Công ty Formosa đã nộp theo Giấy phép đầu tư và hợp đồng thuê đất đã ký; miễn thuế tài nguyên đối với hoạt động hút cát san nền của dự án và nhà đầu tư được hưởng mức phí bảo vệ môi trường 60% đối với hoạt động hút cát san nền.
Trường hợp hút cát vùng ngoài diện tích mặt nước đã được thuê phải đóng phí bảo vệ môi trường theo quy định hiện hành.
UBND tỉnh Hà Tĩnh tiếp tục thực hiện những kiến nghị của Thanh tra Chính phủ, kiểm tra, xử lý, chấn chỉnh công tác thu hồi đất, bồi thường, giải phóng mặt bằng Khu kinh tế Vũng Áng.
Bí thư Tỉnh ủy, Chủ tịch UBND tỉnh Hà Tĩnh Võ Kim Cự cảm ơn đoàn thanh tra đã tiến hành thanh tra khá kỹ càng các dự án trọng điểm tại Khu Kinh tế Vũng Áng, qua đó đã chỉ ra cho tỉnh những ưu khuyết điểm. Đây là cơ hội nâng cao năng lực quản lý nhà nước trên các mặt công tác.
Bí thư Tỉnh ủy, Chủ tịch UBND tỉnh Võ Kim Cự còn cho biết, cho đến hiện nay các khuyết điểm tồn tại cơ bản đã được khắc phục và tiếp tục chỉ đạo khắc phục triệt để các khuyết điểm, hạn chế mà Thanh tra Chính phủ và Thủ tướng Chính phủ đã chỉ đạo.