Nguyên nhân do làm đất muộn nên đất chưa kịp ngấu nên khi nhiệt độ cao, gốc rạ phân huỷ trong điều kiện ngập nước, yếm khí sẽ tạo ra các khí độc như H2S, CH4… làm cây lúa bị ngộ độc.
Khi lúa bị ngộ độc hữu cơ, bà con nông dân không nên sốt ruột bón thêm phân đạm cấp cứu lúa. Làm vậy sẽ khiến cho lúa ra nhiều lá non mới, kéo dài thời gian sinh trưởng, nếu gặp mưa giông rất dễ bị bạc lá, gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến năng suất.
Để hạn chế hiện tượng ngộ độc bà con cần tuân thủ quy trình như sau: Để đất nhanh ngấu, rút ngắn thời gian làm đất cần giữ nước lúc gặt. Nên gặt sát gốc rạ, gặt đến đâu thu sạch rơm rạ đến đó, có thể thu lên bờ hoặc xếp thành đống vào góc ruộng, cứ 1 - 2 lớp rạ rắc 1 lớp vôi để rạ nhanh mục sau này dùng làm phân.
Rắc 15 - 20 kg vôi bột/sào rồi tiến hành cày dầm, giữ nước, khoảng 5 - 7 ngày đối với ruộng cấy trà sớm, 7 - 10 ngày với ruộng cấy trà trung là bừa cấy được. Đối với một số nơi có tập quán gặt lưng cây lúa, sau khi gặt, rắc 20 -30 kg vôi bột/sào rồi lồng dập rạ, giữ nước ngập ruộng sau 10 - 15 ngày thì bừa cấy.
Để giúp cho đất nhanh ngấu, bà con nên sử dụng các loại phân có hàm lượng vi sinh vật cao như Azotobacterin... Đây là một trong những biện pháp hữu hiệu cung cấp vi sinh vật cho đất, làm tăng độ tơi xốp và sự liên kết các chất hữu cơ trong đất, tăng sức đề kháng cho cây giúp cân bằng sinh thái, đặc biệt là làm gốc rạ nhanh phân hủy, giảm ngộ độc hữu cơ.
Lượng bón là 7 - 10 kg/sào, bón ngay khi ruộng có nước càng sớm càng tốt hoặc bón cùng với lúc bón phân NPK chuyên lót trước khi bừa.