Bộ Thanh niên - Thể thao Indonesia và LĐBĐ nước này (PSSI) vốn đã có những mâu thuẫn từ khá lâu.
Tuy nhiên mối quan hệ này trở nên đặc biệt căng thẳng khi Bộ Thanh niên - Thể không cho hai đội bóng Arema Cronus và Persebaya Surabaya tham gia Indonesia Super League vì các yêu cầu pháp lý.
Mới nhất, Bộ Thanh niên - Thể thao Indonesia đưa thông báo không công nhận PSSI như một tổ chức điều hành các hoạt động bóng đá của Indonesia. Trước tình hình này, Tổng thư ký FIFA đã gửi thư cảnh báo rằng Indonesia sẽ bị cấm tham dự mọi giải đấu quốc tế, trong đó có vòng loại World Cup 2018 châu Á sắp tới.