Các bến hoạt động trên 10 tuyến sông, kênh thuộc 18 huyện, thị xã, thành phố; nhiều nhất là tuyến sông Mã với 50 bến, ít nhất là tuyến sông Bạng, 2 bến.
Bến đò hoạt động chủ yếu dựa vào điều kiện tự nhiên, các bến ở những huyện miền núi vào mùa mưa đi lại rất khó khăn. Đáng chú ý có 22 bến đò ở 6 huyện là: Cẩm Thủy, Tĩnh Gia, Như Thanh, Bá Thước, Thường Xuân và Quan Hóa hàng ngày có khoảng 2.000 học sinh qua lại. Vào mùa mưa lũ, tại các bến này tình trạng chen lấn, xô đẩy diễn ra rất nguy hiểm.
Hiện vẫn còn nhiều bến đò hoạt động tự phát, vi phạm các qui định của Luật Giao thông đường thủy nội địa, không bảo đảm an toàn cho khách, tỷ lệ người điều khiển phương tiện thủy chở khách có bằng, chứng chỉ chuyên môn còn ít... Trong tổng số 126 bến đò khách ngang sông, đến nay mới có 49 bến được cấp phép hoạt động; vẫn còn tới 77 bến chưa được cấp phép hoạt động, chiếm tỷ lệ 61%.