Giải thưởng Sử học Phạm Thận Duật được trao lần đầu tiên năm 2000 dành cho các tiến sĩ có luận án sử học xuất sắc trong cả nước. KTS Phạm Vũ Hưng - Chủ tịch Quỹ giải thưởng Phạm Thận Duật cho biết: Qua 16 mùa giải, Giải thưởng Sử học Phạm Thận Duật đã trao tặng 86 giải bao gồm 7 giải nhất, 36 giải nhì và 43 giải ba. Có 2 tiến sĩ người nước ngoài được trao giải cho những công trình nghiên cứu xuất sắc.
Năm 2016, Giải thưởng Sử học Phạm Thận Duật đã có 6 chủ nhân mới. Trong đó, 1 giải nhất thuộc về TS Dương Hà Hiếu (Trường Đại học Tây Bắc) với luận án Cù lao Ré - quê hương của đội Hoàng Sa (Từ đầu thế kỷ XVII đến giữa thế kỷ XIX); 2 giải nhì thuộc về TS Hoàng Thúy Quỳnh (Viện Khảo cổ học) với luận án Kỹ thuật chế tạo đồ gồm văn hóa Sa Huỳnh ở miền Trung Việt Nam và TS Đinh Thị Thùy Hiên (Trường ĐH KHXH &NV - ĐHQG Hà Nội) với luận án Nguồn sử liệu hương ước Thăng Long - Hà Nội trước năm 1945.
TS Bùi Hữu Tiến (Bảo tàng Nhân học - ĐHQG Hà Nội) tác giả luận án Văn hóa Đồng Đậu và vị trí của nó trong thời đại đồng thau ở lưu vực sông Hồng; TS Đặng Thị Minh Phượng (Trường ĐH KHXH&NV - ĐHQG TP. HCM) tác giả luận án Đảng vận động trí thức trong đấu tranh giải phóng dân tộc từ năm 1930 đến năm 1945 và TS Nguyễn Thị Tuyết Nhung (Trường ĐHSP Hà Nội II) tác giả luận án “Quá trình di cư và hoạt động chính trị - xã hội của người Việt ở Lào (1893-1945)" cùng được trao giải ba.
