Tiền thân là Học viện Thủy lợi – Điện lực được thành lập năm 1959. Sau 55 năm thành lập, Viện KHTL Việt Nam đã từng bước phát triển, lớn mạnh và có nhiều đóng góp về KHCN quan trọng cho sự nghiệp xây và phát triển đất nước.
Đặc biệt gần đây, thực hiện đề án tái cơ cấu ngành nông nghiệp, viện đã tập trung hướng nghiên cứu gắn với các yêu cầu thực tiễn, nhất là gắn với công tác phục vụ SX theo hướng nâng cao giá trị gia tăng, phòng chống và giảm nhẹ thiên tai, công nghệ cao...
Tiêu biểu có thể kể tới một số công trình nghiên cứu mới đây đã được đánh giá cao, có giá trị thực tiễn rất lớn như: Công nghệ tưới tiên tiến, tiết kiệm nước cho cây trồng cạn; rà soát đê biển từ Quảng Ninh đến Kiên Giang và giải pháp nâng cấp trong điều kiện BĐKH, nước biển dâng; đã xây dựng xong bản đồ ngập lụt hạ du các lưu vực sông từ Thanh Hóa đến Phú Yên phục vụ điều hành mùa lũ năm 2014; xây dựng bản đồ ngập lụt, nước dâng do siêu bão cho một số tỉnh ven biển như Thanh Hóa, Quảng Bình, Thừa Thiên Huế, ĐBSCL; công nghệ gây bồi tạo bãi, trồng cây chắn sóng bảo vệ bờ, đê biển; khôi phục, trồng rừng ngập mặn các tỉnh ven biển...
Phát biểu tại lễ kỷ niệm, Bộ trưởng Bộ NN-PTNT Cao Đức Phát lưu ý trong thời gian tới, Viện KHTL Việt Nam cần tiếp tục đẩy mạnh các hướng nghiên cứu để trở thành một trung tâm đầu ngành về thủy lợi, đặc biệt là đổi mới tư duy chuyển từ việc phục vụ cho một nền nông nghiệp đủ ăn, bao cấp sang nền nông nghiệp công nghệ cao, bền vững, giá trị gia tăng và bảo vệ môi trường, thi công sử dụng ít vật liệu, tiết kiệm nhưng tạo hiệu quả kinh tế cao...
Trước mắt năm 2015, Viện KHTL phải có các đề xuất hỗ trợ xây dựng chính sách cho thủy lợi, cụ thể là xây dựng Luật Thủy lợi trình Quốc hội trong năm 2015.
