Sau khi bị trì hoãn vào đầu tháng 8 và VKS trả hồ sơ điều tra, dự kiến phiên tòa lần này chỉ diễn ra trong vòng một ngày. Đối tượng Nguyễn Trọng Phương bị truy tố tội "Khủng bố", còn Trần Anh Thuận bị truy tố tội "Không tố giác tội phạm".
Theo cáo trạng, tháng 6/2014, Phương thành lập Cty TNHH Song Lộc Miền Bắc. Phương có đơn xin chủ trương của UBND tỉnh Bắc Ninh được nạo vét thanh thải và tận thu sản phẩm trên sông Đuống nhưng không được chấp thuận.
Chính vì vậy, Phương nghĩ ra cách nhắn tin đe dọa Chủ tịch tỉnh Bắc Ninh Nguyễn Tử Quỳnh và Giám đốc Công an tỉnh Bắc Ninh Phạm Hồng Sơn.
Thủ đoạn nhắn tin của Phương nhằm hai mục đích, một là khiến lãnh đạo tỉnh sợ sẽ chấp thuận cho các công ty khai thác cát sỏi trong đó có Cty của Phương. Thứ hai là nếu bị phát hiện thì sẽ hướng mục tiêu điều tra vào ông Ngô Thành Sơn (SN 1980) - Chủ tịch HĐQT Cty trục vớt luồng hạ lưu.
Phương biết Trần Anh Thuận có mâu thuẫn với ông Sơn trong làm ăn nên ngày 16/1/2017, Phương nhắn tin bằng Zalo cho Thuận bàn bạc và hướng dẫn cho Thuận nhắn tin đe dọa Chủ tịch UBND tỉnh và Giám đốc Công an tỉnh Bắc Ninh. Đêm 23/1/2017, Phương mang điện thoại di động đến ngồi ở quán nước cạnh cổng bệnh viện và nhắn tin với nội dung đe dọa, khủng bố tinh thần, như: “Ông biết vụ Yên Bái như thế nào rồi nhỉ”.
Sau đó Phương đi về, trên đường về đã vứt chiếc điện thoại xuống sông Đuống. Trần Anh Thuận biết tin hai lãnh đạo của tỉnh bị nhắn tin đe dọa, khủng bố là do Phương làm nhưng không đến cơ quan chức năng tố giác.
Ngày 31/3/2017, Nguyễn Trọng Phương chính thức bị cơ quan Công an bắt giữ.
Theo cáo trạng, Phương bị truy tố theo khoản 3, Điều 230a Bộ luật Hình sự; Thuận bị truy tố theo khoản 1, Điều 314 Bộ luật Hình sự.
Điều khiến dư luận đặc biệt quan tâm là vụ án xảy ra trong thời điểm Bắc Ninh có hàng loạt văn bản “cầu cứu” Thủ tướng về vấn đề khai thác cát sỏi trên địa bàn, đặc biệt là các văn bản yêu cầu dừng các dự án nạo vét tận thu cát sỏi trên sông Cầu.
Cụ thể, tháng 3/2017, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh Nguyễn Hữu Thành có văn bản gửi Thủ tướng; Bộ trưởng GTVT đề nghị tiếp tục tạm dừng dự án nạo vét, khơi thông luồng đường thủy nội địa kết hợp tận thu sản phẩm trên sông Cầu. Tỉnh Bắc Ninh đề nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ Công an vào cuộc điều tra việc "các cá nhân từ trung ương đến địa phương đứng sau bảo kê, đe dọa" cán bộ chuyên môn, lãnh đạo sở, ngành và Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh làm sự việc ngày càng trở nên nghiêm trọng.
Một số lãnh đạo cơ quan tại Bắc Ninh đã bị "khủng bố" tin nhắn, điện thoại với nội dung phải để cho dự án trên sông Cầu tiếp tục được thực hiện, trong đó có ông Nguyễn Tử Quỳnh - Chủ tịch UBND tỉnh.
