Hiện số người sử dụng nước hợp vệ sinh là 99,3%. Tỷ lệ hộ có nhà tiêu hợp vệ sinh là 98,2% và tỷ lệ hộ chăn nuôi có chuồng trại hợp vệ sinh là 94,9%.
TP Vĩnh Yên cũng xây dựng và nhân rộng các mô hình ứng dụng khoa học, công nghệ trong phân loại, thu gom, xử lý rác thải từ hộ gia đình đến mô hình xã, thôn xanh - sạch - đẹp.