Đàn cá tra bố mẹ có hiện tượng cận huyết là điều đáng báo động
2 năm trở lại đây, ương nuôi cá tra giống đạt tỷ lệ sống rất thấp và đang ở mức báo động. Ương nuôi từ cá bột lên cá giống tỷ lệ sống chỉ đạt 8-10%, trong khi những năm 1999 – 2002, tỷ lệ này dao động 25 – 40%. 
Nhiều hộ chuyên ương nuôi cho biết, dù áp dụng ương nuôi theo khuyến cáo nhưng nhiều đợt ương nuôi đều bị thất trắng.
Theo ngành chức năng, ngoài yếu tố môi trường bị ô nhiễm, dịch bệnh lây lan, dinh dưỡng chưa hợp lý, một nguyên nhân quan trọng khác là do chạy theo lợi nhuận, nhiều cơ sở sản xuất con giống “ép” cá lấy nhiều đợt trứng trong vụ, sử dụng cá bố mẹ không đảm bảo chất lượng, thậm chí sử dụng con giống trong cùng 1 lứa của cùng 1 trại làm cá bố mẹ, dẫn đến hiện tượng cận huyết, cho cá giống có tỷ lệ sống thấp, tăng chi phí trong nuôi cá thịt.
An Giang, Đồng Tháp hiện có khoảng 100 cơ sở cho cá tra đẻ bằng phương pháp nhân tạo, là 2 nơi cung cấp cá bột chủ lực ở miền Tây, cá đang vào mùa sinh sản rộ.
