Chủ trương giải thể Ban 2 được lãnh đạo TP Cần Thơ thống nhất vào cuối tháng 12/2020. Tiếp đó, Sở Nội vụ có dự thảo đề án giải thể để các ngành liên quan đóng góp ý kiến. Ngày 8/1/2021, Sở Nội vụ có Công văn số 54/SNV-TCBC “đề nghị Ban 2 bổ sung phương án giải quyết cụ thể đối với từng nhân sự thuộc thẩm quyền quản lý”. Công văn cũng truyền đạt ý kiến của Sở GT&VT, KH&ĐT đề nghị Ban 2 giải quyết những tồn đọng trong quản lý các dự án đầu tư.
Trong đó, Sở GT-VT đề nghị Ban 2 bổ sung phương án xử lý chuyển tiếp các dự án chuẩn bị triển khai, đang triển khai hoặc đã hoàn thành nhưng chưa quyết toán; xác định quyền, nghĩa vụ và phương án xử lý đối với các hợp đồng đã ký giữa Ban 2 với đơn vị liên quan.
Sở KH&ĐT đề nghị cụ thể, với các dự án đã hoàn thành, đưa vào sử dụng, Ban 2 phải khẩn trương hoàn thành hồ sơ trình phê duyệt quyết toán làm cơ sở tất toán và kết thúc dự án; với dự án dở dang phải rà soát toàn bộ hồ sơ, khối lượng đã thực hiện và đề xuất phương án bàn giao đơn vị mới để không gián đoạn.
Ban 2 được thành lập ngày 29/8/2013, cho đến nay quản lý gần 40 dự án đầu tư của TP Cần Thơ với tổng vốn gần 900 tỷ đồng. Trong đó, những năm được giao vốn đầu tư nhiều là năm 2017 với hơn 187 tỷ đồng, năm 2019 hơn 219 tỷ. Đây cũng là thời gian thực hiện những công trình có giá trị lớn, bị phát hiện nhiều vi phạm. Điển hình là dự án nâng cấp Bệnh viện Đa khoa Ô Môn, vốn đầu tư gần 69 tỷ đồng. Ngày 5/8/2020, Thanh tra TP Cần Thơ có Báo cáo số 902/KL-TTr cho biết, giá trị sai phạm hơn 8,4 tỷ đồng, nhiều nhất là chi phí thiết bị y tế gần 5,5 tỷ, thi công xây dựng hơn 2,5 tỷ. Trách nhiệm để xảy ra sai phạm chủ yếu là Ban 2. Liên quan đến dự án Bệnh viện Đa khoa Ô Môn nhiều cán bộ đã bị kỉ luật và chuyển công tác như: bà Lê Anh Minh Trang, nguyên phó phòng Đấu thầu và Quản lý Hợp đồng; ông Danh Lợi nguyên Trưởng phòng Dự án 1.
Dự án thi công cầu Rạch Nhum và Rạch Tra cũng bị phản ánh có nhiều sai phạm trong đấu thầu.
Dự án xây dựng lại Trường THPT Châu Văn Liêm được Kiểm toán Nhà nước khu vực 5 trong báo cáo ngày 28/10/2020, chỉ ra nhiều gian dối, riêng gỗ xấu làm bàn ghế và xây dựng không đúng thiết kế đã hơn 10,3 tỷ đồng. Gồm phần gỗ dùng trong xây lắp các cấu kiện như cửa, vì kèo, xà, li-to (rui, mèn), tay vịn cầu thang hơn 8,3 tỷ và 2.285 chiếc bàn ghế học sinh, giáo viên, bàn vi tính hơn 2 tỷ. Đặc biệt gỗ làm bàn ghế học sinh, giáo viên được thiết kế gỗ nhóm III nhưng thực tế sử dụng gỗ nhóm VII và VIII; gỗ xây dựng thiết kế nhóm II nhưng sử dụng nhóm V nên bị cong, nứt và mối ăn nát trong thời gian bảo hành. Trách nhiệm chính ở đây cũng là Ban 2. Trường THPT Châu Văn Liêm được xây dựng năm 1917, có giá trị văn hóa đặc sắc, khi xuống cấp được UBND thành phố Cần Thơ quyết định xây dựng lại, gần 97 tỷ đồng. Phát hiện hành vi gian lận trong thi công gây xôn xao dư luận đến nay.
Đáng chú ý, nhiều doanh nghiệp thầu thi công có tên trong các dự án được thanh tra và kiểm toán kết luận sai phạm. Đơn cử như Cty Cổ phần Xây dựng Trần Gia, Cty TNHH sản xuất TMDV DAIZU....