Trước đó, các cơ quan chức năng phát hiện đơn vị thi công có nhiều sai phạm trong quá trình tôn tạo, trùng tu như xây dựng nền móng Am Dược vượt quá diện tích thiết kế đã được phê duyệt, công tác bảo quản các di vật cổ không đúng quy định... và yêu cầu Giáo hội Phật giáo tỉnh Quảng Ninh có báo cáo chi tiết, làm thủ tục đề nghị điều chỉnh quy hoạch, điều chỉnh hồ sơ cấp phép, khi nào được cấp phép tiếp mới được xây dựng lại.
Khi được hỏi, việc trùng tu một di tích cổ hàng trăm năm và thay mới hoàn toàn có vấn đề gì không? Ông Trung cho biết, việc xây dựng trùng tu, xây dựng chùa này đã được các cấp có thẩm quyền phê duyệt. Việc xây dựng, tôn tạo thế nào, sắp tới sẽ do các cơ quan có thẩm quyền quyết định.
Theo Ban quản lý các di tích trọng điểm của tỉnh Quảng Ninh, đơn vị thi công trùng tu đã không tuân thủ các quy định về trùng tu, tôn tạo vì đào toàn bộ phần nền móng bằng đá gạo cũ của Am Dược lên, không đánh dấu các cấu kiện và không bảo quản tốt các di vật cổ.
Di tích Am Dược, nơi Phật Hoàng Trần Nhân Tông tổ chức bốc thuốc, cứu độ chúng sinh là một công trình độc đáo khi dựa hẳn vào vách núi và chỉ có một mái. Di tích là công trình xây bằng đá, gỗ và ngói có tuổi hàng trăm năm đã bị đào tung nền móng, bức tường đá cổ cũng bị phá và xây mới hoàn toàn. Việc xây lại đã làm mất đi nguyên trạng so với di tích nguyên mẫu…
