Hệ thống Megaports cụm cảng Cái Mép - Thị Vải có tổng trị giá hơn 4,4 triệu USD. Đây là dự án hợp tác giữa Việt Nam và Hoa Kỳ triển khai thực hiện nhằm ngăn chặn việc vận chuyển bất hợp pháp vật liệu hạt nhân, vật liệu phóng xạ trong hàng hóa xuất nhập khẩu bằng đường biển.
Năm 2013, Tổng cục Hải quan và Bộ Năng lượng Hoa Kỳ đã tiến hành khảo sát và tổ chức việc lắp đặt 12 cổng soi chiếu phóng xạ tại 3 cảng biển trong cụm cảng này là TCCT, TCIT và SP-PSA.
Hệ thống Megaports được giao cho Cục Hải quan BR-VT đưa vào vận hành thử nghiệm từ ngày 7/10/2013, đến nay đã soi chiếu cảnh báo và xử lý 4.521 trường hợp vận chuyển hàng hóa xuất nhập khẩu qua các cổng soi, trong đó cảnh báo Gamma 4.476 trường hợp, cảnh báo Nơtron 42 trường hợp và cảnh báo hỗn hợp Gamma - Nơtron 3 trường hợp.
Tại buổi lễ khánh thành, Tổng cục Hải quan đã giao nhiệm vụ cho Cục Hải quan BR-VT chính thức vận hành hệ thống Megaports tại cụm cảng Cái Mép - Thị Vải theo đúng quy trình vận hành, bảo hành, bảo trì hệ thống này.
