Theo đó, Hà Nội đã bắt đầu triển khai thu phí từ ngày 1/1/2013. Trong năm đầu thu về cho Quỹ của thành phố 55 tỷ đồng, năm tiếp theo 36 tỷ đồng, tháng đầu năm 2015 đạt 3,6 tỷ đồng (chỉ đạt 3% kế hoạch).
Từ thực tế thu đạt thấp trong khi công tác thu gặp nhiều khó khăn, bất cập, Sở GT-VT Hà Nội thống nhất với chủ trương của Quỹ Bảo trì đường bộ TƯ và Bộ GT-VT cho phép tạm thời dừng thu phí bảo trì đường bộ theo đầu phương tiện đối với xe mô tô, xe máy từ ngày 1/1/2016 để các cơ quan Bộ GT-VT và Bộ Tài chính có phương án tổ chức thu hợp lý và thuận tiện hơn.