BQL này được thành lập dựa trên cơ sở tổ chức lại các BQL dự án bồi thường, hỗ trợ tái định cư và xây dựng hệ thống kênh mương công trình thủy lợi Ngàn Trươi – Cẩm Trang (trực thuộc UBND tỉnh) và 2 BQL dự án thuộc Sở NN-PTNT (BQL các dự án xây dựng cơ bản ngành NN-PTNT và BQL các dự án ODA ngành NN-PTNT). BQL mới là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc UBND tỉnh, áp dụng cơ chế tự chủ tài chính, tự đảm bảo chi thường xuyên theo quy định tại Nghị định số 16/2015/NĐ-CP, ngày 14/2/1015 của Chính phủ.
Được biết, trước năm 2012, ngành NN-PTNT Hà Tĩnh có 10 BQL dự án, các ban này được thành lập khi triển khai các dự án khác nhau. Đến năm 2012, Hà Tĩnh sáp nhập 10 Ban trên thành 2 ban gồm Ban ODA và BQL các dự án ngành NN-PTNT. Chủ trương sáp nhập các BQL dự án nhằm tinh giản bộ máy, tuy nhiên cũng có nhiều ý kiến cho rằng việc tách, nhập trong thời gian ngắn khiến cho hoạt động tại các BQL dự án bị xáo trộn, ảnh hưởng trực tiếp đến hiệu quả công việc.