Từ tình hình trên, Tỉnh ủy, UBND tỉnh giao nhiệm vụ cho Công an tỉnh Hà Nam vào cuộc xác minh làm rõ. Quá trình điều tra, vì sự việc xảy ra từ năm 2007-2013 nên việc xác định diện tích, vị trí, lô đất được UBND xã Vũ Bản cấp bản trái phép gặp nhiều khó khăn. Có những trường hợp chủ đất, sau khi được UBND xã chuyển nhượng, không muốn phối hợp với cơ quan điều tra.
Trong khi đó, cán bộ địa chính xã thì nhận thấy những sai phạm có nguy cơ bị phát hiện nên có dấu hiệu tẩu tán, tiêu hủy chứng cứ... Vượt qua những khó khăn, trong khoảng 10 ngày, cán bộ Phòng PC46 Công an tỉnh tích cực điều tra, phát hiện ra sai phạm trong việc cấp đất.
Theo cơ quan điều tra, trong 10 năm (2004 đến 2014), Trần Bá Toàn giữ chức Chủ tịch UBND xã Vũ Bản. Quá trình thực hiện nhiệm vụ, Toàn không chấp hành quy định của Nhà nước về quản lý đất đai, tài chính. Theo quy định, Toàn và UBND xã Vũ Bản không có thẩm quyền nhưng đối tượng này bán đất, thu tiền và giấu nguồn thu để sử dụng tiền trái quy định, vượt quá công vụ được giao. Sau đó thì thực hiện các thủ đoạn gian dối để hợp thức hóa việc cấp, bán đất, thu tiền trái phép.
Một trong những bức thư khen của nhân dân xã Vũ Bản, gửi đến Công an tỉnh Hà Nam
Phòng PC46 Công an tỉnh Hà Nam xác định từ năm 2006 đến 2013, Toàn chỉ đạo Đặng Hữu Phú, Khổng Quang Chư, Trần Thị Phượng (đều là cán bộ UBND xã Vũ Bản) thực hiện việc cấp bán đất trái phép cho 294 hộ, với tổng diện tích gần 60 nghìn mét vuông; thu hơn 7 tỷ đồng. Số tiền này, các đối tượng để ngoài sổ sách chi tiêu sai quy định hơn 1,4 tỷ đồng; chi vào việc xây dựng cơ bản trên địa bàn xã Vũ Bản hơn 4,9 tỷ đồng; đền bù cho các hộ dân thuộc thôn Gia Hội, xã Vũ Bản hơn 700 triệu đồng.
Về phần Đặng Hữu Phú, anh ta làm cán bộ địa chính UBND xã Vũ Bản, từ năm 2004 đến năm 2015. Dưới sự chỉ đạo của Toàn, Phú chủ động thực hiện việc cấp bán đất trái phép cho 302 hộ dân với tổng diện tích giao trên 60 ngàn mét vuông. Trong đó, Phú trực tiếp thu hơn 2,5 tỷ đồng của các hộ (không có phiếu thu), không nộp vào quỹ của UBND xã Vũ Bản trên 2,3 tỷ đồng.
Nguyên Phó Chủ tịch UBND xã Vũ Bản, đối tượng Khổng Quang Chư cũng nằm trong đường dây phạm tội. Cùng với Toàn và Phú, Chư thực hiện hành vi cấp bán đất trái phép cho 294 hộ dân và thu hơn 534 triệu đồng. Chư giữ lại 334 triệu đồng để chi tiêu sai quy định, không nộp về UBND xã.
Tham gia tích cực vào vụ việc này còn có sự giúp sức của Trần Thị Phượng, nguyên cán bộ tài chính, kế toán xã Vũ Bản từ năm 2007 đến 2015. Phượng thu tiền để cấp bán đất trái phép với tổng số hơn 6,5 tỷ đồng, để ngoài sổ sách, chi tiêu sau quy định hơn 1,4 tỷ đồng. Nhằm bao che hành vi phạm tội, đối tượng ghi giấu nguồn thu để chi tiêu sai quy định hơn 5,1 tỷ đồng.
Một bị can khác cũng bị truy tố trong đường dây này là Nguyễn Quang Hưng, nguyên Phó giám đốc Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất huyện Bình Lục, người được giao thực hiện hợp đồng về việc lập hồ sơ cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất tại xã Vũ Bản, với giá trị 2 bản hợp đồng vào khoảng hơn 87 triệu đồng.
Trong quá trình làm thủ tục, Hưng biết rõ hồ sơ đất của các hộ không đủ điều kiện cấp giấy chứng nhận nhưng anh ta không có biện pháp ngăn chặn; yêu cầu UBND xã Vũ Bản phải thực hiện theo đúng quy định. Ngược lại, đối tượng lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao chủ động lập khống 177 tờ hồ sơ, kỹ thuật thửa đất, lập khống danh sách công khai các hộ đủ điều kiện cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho Đặng Hữu Phú, nhằm mục đích hợp pháp hóa các sai phạm trong hồ sơ đất của các hộ, trình lãnh đạo Văn phòng đăng ký quyền sử đụng đất. Lãnh đạo phòng tài nguyên, môi trường; lãnh đạo UBND huyện Bình Lục, sau đó ký duyệt cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho huyện Bình Lục sử dụng...
Từ đó, dẫn việc đến thời điểm hiện tại, đã có 151 hộ dân được UBND xã Vũ Bản cấp bán đất trái phép từ năm 2006-2014 với tổng diện tích hơn 31 nghìn mét vuông (đã có giấy chứng nhận quyền sử dụng đất).
Căn cứ vào hành vi phạm tội của các đối tượng, ngày 8-4-2015, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Hà Nam đã ra quyết định khởi tố bị can; ra lệnh bắt bị can để tạm giam đối với Toàn, Phú về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Tiếp đó, ngày 16-4-2015 và 26-5-2015, ra quyết định khởi tố bị can và lệnh bắt bị can để tạm giam đối với Chư, Hưng và ra quyết định khởi tố bị can, cấm đi khỏi nơi cư trú đối với Phượng về tội danh trên.
Trên cơ sở chứng cứ, tài liệu thu thập được, ngày 7-3-2016, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Hà Nam đã ra quyết định thay đổi quyết định khởi tố vụ án hình sự về tội “Lạm quyền trong khi thi hành công vụ” và tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ xảy ra tại UBND xã Vũ Bản; ra quyết định thay đổi quyết định khởi tố bị can đối với Toàn, Phú, Chư, Phượng về tội “Lạm quyền trong thi thi hành công vụ”; đối tượng Hưng bị truy tố về tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
