Một là, hiệu quả điện năng quá nhỏ (đóng góp lượng điện chưa đến 1% tổng điện năng quốc gia) trong khi dự án có nguy cơ ảnh hưởng lớn vì làm thủy điện bậc thang.
Hai là, ảnh hưởng sinh kế của người dân, vì tác động đến lưu lượng dòng chảy, gây ra sạt lở bờ sông, chặn lượng phù sa tại các hồ chứa và đặc biệt, gây ra các hệ lụy ảnh hưởng lớn tới hệ thống thủy lợi cấp và thoát nước phục vụ nông nghiệp trực tiếp cho 8 tỉnh thuộc ĐBSH.
Ba là, ảnh hưởng đến đa dạng sinh học vùng sông Hồng. Thượng nguồn sông Hồng là sông Thao và sông Lô – Gâm là nơi có những bãi cá đẻ và duy trì nguồn gen cho thủy sinh. Nếu nạo vét làm âu thuyền cũng như đập thủy điện sẽ chặn đường di cư của cá và các loài thủy sinh khác vào mùa sinh sản. Ngoài ra, đáy sông Hồng hiện nay được cảnh báo tụt xuống 1m. Việc đáy sông tụt xuống càng sâu sẽ ảnh hưởng đến đa dạng sinh học ở cả dưới nước và trên cạn.
Bốn là, đối tượng hưởng lợi chính không phải doanh nghiệp Việt Nam. Năm là, hệ lụy và rủi ro vô cùng lớn. Không thể áp dụng tư duy quản lý xây dựng - sở hữu - vận hành (BOO) hoặc xây dựng - vận hành - chuyển giao (BOT) của quản lý đường bộ vào đường sông, vì đường bộ chỉ phục vụ chức năng giao thông, trong khi sông ngòi còn nhiều chức năng quan trọng khác như đảm bảo an ninh tài nguyên nước, đa dạng sinh học, phòng chống thiên tai, thoát lũ, duy trì và cân bằng hệ sinh thái.
Hiện các nước trên thế giới, trong đó có cả Việt Nam, chưa có tiền lệ giao quyền sở hữu dòng sông, vốn thuộc quyền sở hữu chung của toàn dân cho một doanh nghiệp tư nhân thai thác và quản lý.
Bên cạnh đó, khi doanh nghiệp thua lỗ, theo Luật Doanh nghiệp, họ có quyền bán tài sản này hoặc nhượng quyền sở hữu, quyền khai thác cho đối tác hay một liên doanh khác, kể cả người nước ngoài. Như vậy, Chính phủ nên loại bỏ dự án này ngay từ đầu để tránh các hệ lụy có thể xảy ra.
Liên quan đến vấn đề này, hôm 10/5, Thủ tướng Chính phủ đã có chỉ đạo chưa xem xét việc phê duyệt chủ trương đầu tư "siêu dự án sông Hồng" vì chưa đủ căn cứ, cơ sở theo quy định của pháp luật.
