Theo báo cáo đánh giá kết quả, dự báo chất lượng nước trong hệ thống công trình thủy lợi vùng tứ giác Long Xuyên phục vụ lấy nước sản xuất nông nghiệp (ngày lấy mẫu 1/6/2016) do Viện Kỹ thuật biển thực hiện cho thấy, một số chỉ tiêu chất lượng nước ở khu vực này đang ở trong tình trạng báo động.
Các chỉ tiêu chất lượng nước được Viện Kỹ thuật biển thực hiện lấy mẫu phân tích gồm: độ pH, DO, BOD, TDS, TSS, SAR, Cl-NO3, NH4, Coliform, Fecal.Coliform.
Theo đó, giá trị pH ngày 1/6/2016 trong vùng tứ giác Long Xuyên dao động từ 4,52 - 7,09 hầu hết nằm ngoài giới hạn cho phép của QCVN 39:2011/BTNMT.
Nguồn nước đã bị thay đổi và với giá trị pH thấp như vậy thì đáng báo động. Hàm lượng sắt tổng số ngày 1/6 cũng cao hơn tại hầu hết các điểm.
Có thể đất tại khu vực bị nhiễm phèn nên vào mùa mưa quá trình rửa trôi đất phèn vào trong nước làm cho hàm lượng sắt trong nước tăng cao. Giá trị Coliform tại các vị trí vùng dự án nằm ở ngưỡng khá cao. Chứng tỏ nguồn nước bị ô nhiễm vi sinh.
