Theo kết quả nghiên cứu ở trong nước và nước ngoài, tác nhân gây bệnh lem lép hạt lúa gồm: nấm Alternaria padwickii, Bipolaris oryzae, Fusarium sp, Curvularia lunata, Microdochium oryzae, Phoma sp, Pyricularia oryzae, Sarocladium oryzae, Septoria sp, Tilletia barclayana, Ustilagonoides virens; vi khuẩn Pseudomonas glumae (tên mới Bukhoderia glumae); nhện gié. Bộ phận bị hại là gié lúa, hạt.
Bệnh thường phát sinh gây hại nặng trong điều kiện nhiệt độ không khí thấp, hay có mưa, ẩm độ cao (vụ đông xuân, vụ mùa), cây lúa đang thời kỳ đòng trỗ, làm giảm năng suất và chất lượng hạt thóc, đôi khi rất nặng.
Để hạn chế bệnh bà con nông dân cần thực hiện tốt biện pháp phòng trừ tổng hợp, bao gồm các biện pháp liên hoàn: làm đất kỹ, bón phân lót đầy đủ; sử dụng giống tốt, giống đúng phẩm cấp (giống cấp 1 hay xác nhận); xử lý hạt giống trước khi ngâm ủ bằng cách phơi lại nắng (trẩy lại) sau đó rê sạch loại bỏ những hạt lép lửng, xử lý hạt giống khi ngâm ủ bằng thuốc Dibavil 50FL nồng độ 3‰ (cho hạt thóc giống đã phơi khô rê sạch vào ngâm 24–36 giờ vớt ra rửa sạch bằng nước trong sau đó ủ như bình thường); nắm chắc lai lịch và thời gian sinh trưởng của từng giống lúa để gieo sạ đúng thời vụ thích hợp nhằm né tránh lúa trổ vào khoảng thời gian thường có thời tiết bất lợi (tùy đặc điểm thời tiết khí hậu ở mỗi vùng có sự chỉ đạo, khuyến cáo của cơ quan nông nghiệp địa phương); không để ruộng khô nước thời kỳ lúa làm đòng đến trổ bông; bón phân đủ định lượng, bón cân đối các thành phần dinh dưỡng cơ bản NPK theo qui trình hoặc hướng dẫn kỹ thuật; làm sạch cỏ và vệ sinh đồng ruộng; phòng trừ các loại sâu bệnh; sử dụng thuốc theo nguyên tắc 4 đúng.
Khi cây lúa đã bị bệnh thì việc phun thuốc để diệt trừ có hiệu quả rất thấp; nên chọn thuốc trừ bệnh phổ rộng: Dibavil 50FL, Dibazol 5SC, Tiên Sa 250EC, Matador 750WG, Tiên Super 300EC để phun. Phun hai lần, lần một vào thời kỳ lúa bắt đầu trổ, lần hai khi lúa đã trổ đều. Nếu phun thuốc muộn (không đúng lúc) khi lúa đã chín sữa vào chắc thì hiệu lực không cao. Ngoài phòng bệnh lem lép hạt, phun thuốc vào giai đoạn đòng trổ còn phòng trừ một số bệnh đốm vằn, vàng lá chín sớm, đạo ôn cổ bông, thối bẹ lá đòng.
