Có 8 xã không giữ vững 19 tiêu chí, chủ yếu các tiêu chí số 13 (tổ chức sản xuất), số 15 (y tế), số 17 (môi trường và an toàn thực phẩm), số 18 (hệ thống chính trị và tiếp cận pháp luật), số 19 (quốc phòng và an ninh).
Nguyên nhân là do bộ tiêu chí mới đã bổ sung, nâng cao một số chỉ tiêu, nên khi kiểm tra thì chưa đạt. Trong quý I/2018, UBND tỉnh xét công nhận thêm 5 xã đã hoàn thiện hồ sơ đề nghị công nhận xã NTM 2017. Trước đó, UBND tỉnh Phú Yên đã xét công nhận 4 xã đạt chuẩn NTM năm 2017.