Theo đó xác định lại tội danh vì có dấu hiệu phạm một tội khác; lấy lời khai của các ông Đào Tấn Lộc, Nguyễn Thành Quang; Xem xét trách nhiệm của tổ thẩm định thầu cũng như trách nhiệm của 4 công ty tham gia đấu thầu vì có dấu hiệu đồng phạm…
Trước đó, Viện này đã đề nghị xử phạt Lê Mao, nguyên PGĐ Sở NN- PTNT Phú Yên 17-19 năm tù về hai tội tham ô tài sản và nhận hối lộ; Lê Thanh Sơn 15-17 năm tù về hai tội tham ô tài sản và đưa hối lộ; Nguyễn Khánh Thọ, nguyên Phó ban QLDATL Phú Yên 15 năm 6 tháng đến 16 năm 9 tháng tù về hai tội tham ô tài sản và thiếu trách nhiệm gây thiệt hại nghiêm trọng đến tài sản Nhà nước; Lương Ngọc Ái, nguyên Giám đốc Sở KH- ĐT 15-16 năm tù về tội nhận hối lộ; các bị cáo Trần Đình Hải, nguyên GĐ Cty CKXD-LMĐN Hà Nội 9-10 năm tù và Trần Yên Khánh, đối tượng chạy thầu 5-6 năm tù cùng tội đưa hối lộ; các bị cáo Nguyễn Hữu Thuận, nguyên cán bộ Ban QLDATL Phú Yên 15-16 năm tù, Mai Trọng Oánh, nguyên chủ nhiệm đề án thiết kế công trình kè Bạch Đằng 11-12 năm tù; hai bị cáo Lê Hồng Chương và Tăng Văn Đạo, nguyên giám sát công trình 3-4 năm tù; hai bị cáo Lê Sỹ Tuấn, nguyên đội trưởng thi công và Phạm Văn Khanh, nguyên chỉ huy trưởng công trình 2-3 năm tù cùng về tội tham ô tài sản.
Dự án hệ thống chống ngập lụt thị xã Tuy Hòa (nay là TP. Tuy Hòa) được UBND tỉnh Phú Yên ra quyết định đầu tư xây dựng từ năm 1999 và giao cho Ban quản lý Dự án Thủy lợi Sở NN- PTNT tỉnh Phú Yên làm chủ đầu tư. Để được trúng gói thầu số 4 công trình kè Bạch Đằng (có tổng giá trị xây lắp 20,7 tỷ đồng), Trần Quốc Hoàn, Trần Yên Khánh, Trần Đình Hải, Lê Thanh Sơn đã có hành vi móc ngoặc với Lê Mao và Lương Ngọc Ái nhờ Mao và Ái giúp đỡ cho TCty Cơ khí xây dựng được trúng thầu trước và sau khi trúng thầu Khánh và Sơn đã đưa cho Mao 15.000.000 đồng và 1 điện thoại trị giá 5.000.000 đồng và Hoàn, Khánh, Sơn đã đưa Ái 110.000.000 đồng.