Căn cứ ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Đoàn công tác Thanh tra Chính phủ do ông Nguyễn Chiến Bình, Phó Tổng Thanh tra Chính phủ làm trưởng đoàn đã có buổi làm việc với UBND tỉnh Hậu Giang triển khai Quyết định số 2279 Thanh tra Chính phủ, ngày 7/10/2013 về việc “Kiểm tra lại Kết luận thanh tra Cty TNHH MTV xổ số kiến thiết Hậu Giang của UBND tỉnh Hậu Giang”.
Nội dung kiểm tra nhằm làm rõ độ chính xác báo cáo Kết luận thanh tra của UBND tỉnh Hậu Giang về Cty TNHH MTV xổ số kiến thiết Hậu Giang. Trong đó, tập trung kiểm tra, thẩm định lại hồ sơ, qua đó đề đề xuất phương án xử lý nếu phát hiện sai phạm nghiêm trọng. Việc kiểm tra phải đúng luật, không gây cản trở, khó khăn ảnh hưởng đến việc SX, kinh doanh của Cty.
Trước đó, qua tố giác nội bộ của Cty, Thanh tra Chính phủ chỉ đạo UBND, Thanh tra tỉnh Hậu Giang lập đoàn thanh tra toàn diện Cty. Theo kết luận của đoàn thanh tra, trong công tác quản lý tài chính tại Cty đã xảy ra vi phạm chứng từ chi thường xuyên từ năm 2010 đến quý I/2013 với tổng số tiền hơn 1,5 tỷ đồng.
Ngày 17/9/2013, Giám đốc Sở Nội vụ, Sở Tài chính và Chánh Thanh tra tỉnh làm việc với Cty họp kiểm điểm rút kinh nghiệm đối với ông Cao Thanh Tùng, Chủ tịch HĐQT kiêm GĐ Cty TNHH MTV xổ số kiến thiết Hậu Giang. Tuy nhiên, kết luận trên chưa tạo được sự đồng thuận.