Qua đó, căn cứ theo quy định của pháp luật, chức năng, quyền hạn và Thông tư liên tịch số 14 giữa Bộ NN-PTNT và Bội Nội vụ, UBND TP. Hà Nội quy định, Sở NN-PTNT có 5 đơn vị tham mưu tổng hợp, chuyên môn, nghiệp vụ gồm: Văn phòng; Thanh tra; các Phòng Kế hoạch - Tái chính; Tổ chức cán bộ; Quản lí xây dựng công trình.
7 Chi cục trực thuộc gồm: Trồng trọt và BVTV; Chăn nuôi và Thú y; Kiểm lâm; Thủy sản; Thủy lợi và Đê điều (sáp nhập Chi cục Thủy lợi, Chi cục Đê điều và Phòng chống lụt bão, Ban Dịch vụ Thủy lợi và Ban Quản lý công trình phân lũ sông Đáy); Phát triển nông thôn; Quản lí chất lượng nông lâm sản và thủy sản.
Tuy nhiên, về cơ cấu các đơn vị sự nghiệp, Sở NN-PTNT Hà Nội có 6 đơn vị sau: Trung tâm Khuyến nông; Trung tâm Nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn; Trung tâm Phát triển nông nghiệp (sáp nhập 3 Trung tâm gồm Phát triển chăn nuôi, Phát triển cây trồng và Giống thủy sản); Trung tâm Phân tích và chứng nhận chất lượng sản phẩm nông nghiệp; Trung tâm Cứu hộ động vật hoang dã; Ban Quản lí rừng phòng hộ - đặc dụng (sáp nhập Ban Quản lí rừng đặc dụng Hương Sơn và Trung tâm Phát triển lâm nghiệp).
Riêng Trung tâm Xúc tiến Thương mại nông nghiệp được sáp nhập vào Trung tâm Xúc tiến đầu tư, Thương mại và Du lịch Hà Nội. Các đơn vị còn lại như Ban Quản lí các Dự án nông nghiệp thủy lợi; Ban Quản lý Dự án sông Tích; Ban Quản lí Dự án kè cứng hóa bờ sông Hồng; Ban Quản lí Dự án trạm bơm tiêu Yên Nghĩa sẽ được sắp xếp, kiện toàn theo Nghị định 59 của Chính phủ về quản lí dự án đầu tư xây dựng.
