Theo đó, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc làm Trưởng ban. Thượng tướng Tô Lâm, Bộ trưởng Bộ Công an làm Phó Trưởng ban.
Các thành viên gồm: Phó Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng Bộ Ngoại giao Phạm Bình Minh; Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Mai Tiến Dũng; Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải Trương Quang Nghĩa; Bộ trưởng Bộ Thông tin và Truyền thông Trương Minh Tuấn; Bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Thị Kim Tiến; Bộ trưởng Bộ Tài chính Đinh Tiến Dũng; Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam Lê Minh Hưng; Trung tướng Phan Văn Giang, Tổng tham mưu trưởng Quân đội nhân dân Việt Nam, Thứ trưởng Bộ Quốc phòng; Thượng tướng Bùi Văn Nam, Thứ trưởng Bộ Công an phụ trách công tác an ninh (thành viên thường trực).
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ tham mưu cho Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ trong việc tổ chức, chỉ đạo hoạt động phòng, chống khủng bố trong phạm vi cả nước; giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ tổ chức, triển khai, phối hợp liên ngành thực hiện công tác phòng, chống khủng bố...
Bộ Công an là cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo và có cơ quan tham mưu, giúp việc chuyên trách gọi là Văn phòng thường trực Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố quốc gia.