Tình huống diễn ra ở phút 42, khi tỷ số đang là 1-1. Trước đó, Messi thực hiện thành công quả 11m đầu tiên mở tỷ số cho Barcelona ở phút 11. AC Milan sau đấy gỡ hòa 1-1 nhờ pha lập công của Nocerino (phút 33). Nếu kết quả này giữ nguyên tới khi kết thúc trận đấu, đội bóng Ý sẽ giành quyền đi tiếp theo luật bàn thắng sân khách. 
Quả phạt đền thứ 2 của Barca gây tranh cãi
Xuất phát từ một pha tấn công bên cánh trái, Barcelona được hưởng một quả đá phạt góc. Trong lúc kèm người, trung vệ Nesta của AC Milan đã kéo ngã Busquets bên phía Barcelona và trọng tài Kuipers lần thứ hai chỉ tay vào chấm phạt đền. Messi một lần nữa chiến thắng thủ môn Abbiati, nâng tỷ số lên 2-1. Đội bóng xứ Catalan sau đó đã giành chiến thắng chung cuộc 3-1 với pha lập công của A.Iniesta.
Sẽ không có gì đáng nói, nếu băng ghi hình trận đấu cho thấy khi Nesta phạm lỗi với Busquets, Xavi còn chưa thực hiện quả đá phạt góc. Đa số ý kiến cho rằng trong tình huống này, trọng tài Kuipers đáng nhẽ phải cho Xavi thực hiện lại quả phạt góc, thay vì cho Barcelona hưởng 11m.
Sau trận đấu, phía AC Milan đã đồng loạt tổng công kích quyết định của ông trọng tài người Hà Lan. Mở đầu chính là HLV trưởng Allegri. Mặc dù thừa nhận AC Milan đã phạm nhiều sai lầm trong cả phòng ngự và tấn công nên bị trả giá, nhưng Allegri đồng thời cho rằng, Barcelona đã được hưởng lợi nhờ quyết định của trọng tài Kuipers.
“Họ đã được biếu không hai quả penalty. Một từ chúng tôi và một từ trọng tài. Chuyện này xảy ra ngay trước khi kết thúc hiệp đấu đầu tiên mà Barcelona không làm được gì nhiều. Họ dĩ nhiên có động lực tinh thần lớn để giành chiến thắng trong hiệp hai, trong khi chúng tôi thực sự gặp khó khăn vì hai quả penalty”. HLV Allegri phát biểu trên kênh Sky Sports của Ý.
“Nạn nhân” trong tình huống trên, trung vệ Nesta cũng tỏ ra không tâm phục quyết định của trọng tài Kuipers. “Trọng tài đáng lẽ phải làm tốt hơn. Tôi đúng là đã có phạm lỗi với Busquets một chút, nhưng Puyol cũng đã lôi tôi từ phía sau. Hơn nữa khi đó bóng còn chưa vào cuộc”, Nesta tuyên bố.
Phụ họa thêm cho đồng đội, hậu vệ Masimo Ambrosio nói: “Tôi chẳng hiểu chuyện gì xảy ra với quả penalty đó. Những tình huống như vậy rất hay xảy ra trong bóng đá, nhưng mỗi trọng tài phản ứng một khác. Ông ấy (chỉ trọng tài Kuipers) phải rất dũng cảm khi ra một quyết định như thế trong một trận đấu vốn đang rất căng thẳng”.
Một cựu cầu thủ khác của Barcelona, tiền đạo Zlatan Ibramovic thậm chí tỏ ra cay cú: “Giờ thì tôi đã hiểu cảm giác của Mourinho mỗi khi đến sân Nou Camp. Trọng tài đã biếu không cho Barcelona một quả 11m, trong khi lại không cho chúng tôi được hưởng điều tương tự”, Ibramovic nhắc lại tình huống ngã trong vòng cấm sau tình huống vào bóng của Mascherano bên phía Barcelona.
Duy nhất tiền vệ C. Seedorf tỏ thái độ ôn hòa sau thất bại của đội nhà. Thừa nhận tình huống AC Milan bị thổi quả phạt đền thứ hai là bước ngoặt trận đấu, nhưng Seedorf không cho rằng đây là nguyên nhân dẫn đến thất bại của AC Milan. “Barcelona là đội nhỉnh hơn trong cả hai cuộc đối đầu với chúng tôi. Họ là đội bóng mạnh nhất ở thời điểm hiện tại và tôi tin rằng họ sẽ đủ khả năng vào tới trận chung kết”, Seedorf cho biết.
