Nhiều loại nấm và vi khuẩn gây bệnh như nấm bệnh von mạ, bệnh khô vằn, đạo ôn, tiêm hạch; vi khuẩn gây bệnh đốm sọc vi khuẩn, bệnh bạc lá lúa… tồn tại trên vỏ trấu hạt giống biểu hiện bằng các đốm, vết màu nâu, đen nhỏ trên hạt thóc.
Khử trùng hạt giống trước khi ngâm ủ có tác dụng tiêu diệt hầu hết các mầm bệnh trên hạt giống, hạn chế nguồn bệnh lây từ hạt giống vụ trước sang cây mạ vụ sau. Có nhiều phương pháp để khử trùng hạt giống, sau đây là một số biện pháp chính:
Dùng nước vôi trong 2-3% ngâm thóc trong 10-12 giờ để diệt mầm bệnh hại. Cách làm như sau: lấy 0,2-0,3 kg vôi cục hoặc 0,3-0,5 kg vôi tôi (chú ý là vôi mới tôi khoảng 30-40 ngày trở lại mới có giá trị diệt mầm bệnh), hoà trong 10 lít nước, để lắng trong 3-5 phút, lọc lấy 6-7 kg nước vôi trong, ngâm được 6-7 kg thóc giống trong 10-12 giờ.
Dùng nước nóng 54oC (3 sôi + 2 lạnh) lượng nước nóng cần gấp 3 lần lượng thóc xử lý, thời gian xử lý 4-5 phút. Hòa đủ lượng nước nóng cho vào dụng cụ có nắp (vung) đậy, cho thóc giống vào đậy nắp lại trong 4-5 phút, sau mở nắp ra cho nước tự nguội dần.
Dùng hoá chất như: CuSO4 1-4%; Daconil 30% nồng độ 0,3%; Carbenzim 50% nồng độ 0,3%… ngâm trong 24 giờ.
Thời gian ngâm thóc giống tính cả thời gian xử lý mầm bệnh: Theo phương pháp mới, giống lúa thuần trong vụ xuân nhiệt độ thấp ở các tỉnh phía Bắc ngâm 72 giờ, giống lúa lai vỏ hạt mỏng, hạt trấu hở ngấm nước nhanh ngâm 35-40 giờ là hạt đã hút đủ nước, ngày thay nước hai lần. Ủ ấm trong đống rơm, rạ 25-32oC trong 30-40 giờ, trong quá trình ủ không cần mở ra để dấp nước làm mất nhiệt như cách cũ ngâm nước 36-48 giờ để hạt nẩy mầm nhanh hơn.
