Ông Nén bị khởi tố, bắt giam ngày 17/5/1998 để điều tra về hành vi giết bà Lê Thị Bông để cướp tài sản, sau đó bị VKSND tỉnh Bình Thuận truy tố về hai hành vi trên, bị hai cấp tòa sơ, phúc thẩm kết tội tù chung thân cũng về hai tội danh đó.
Ngay từ năm 2000, ông Nguyễn Thân, nguyên Chủ tịch UBND xã Tân Minh đã cùng ông Huỳnh Minh Tuyên, bố của Huỳnh Văn Nén, kêu oan cho Nén.
Trao đổi với báo chí bên lề cuộc họp Quốc hội, Phó Chánh án TANDTC Nguyễn Sơn cho biết, tháng 11/2014, VKSNDTC nhận thấy trong vụ án giết bà Lê Thị Bông, có căn cứ là người khác là hung thủ nên đã ra kháng nghị đề nghị TANDTC xét xử Giám đốc thẩm, tuyên hủy hai bản án sơ, phúc thẩm để điều tra lại. Kháng nghị trên của VKSNDTC đã được TANDTC chấp nhận. Nhưng đến nay cơ quan CSĐT Công an tỉnh Bình Thuận vẫn chưa thể ra được kết luận điều tra, dù thời hạn điều tra đã hết.
Nhân việc Huỳnh Văn Nén được tại ngoại, dư luận còn quan tâm đến một vụ án khác. Đó là vụ án “giết người” và “tàng trữ trái phép vũ khí quân dụng” xảy ra ở xã Phú Phúc, huyện Lý Nhân, tỉnh Hà Nam, vào ngày 29/11/1992. Do tranh chấp về đất đai, dân hai làng Thanh Nga và Nhân Phúc đã kéo nhau ra bãi xô xát với nhau.
Trong cuộc xô xát ấy, 1 trái lựu đạn đã nổ, làm anh Trần Văn Việt bị chết và 21 người bị thương. Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Hà Nam đã khởi tố, bắt tạm giam hai người là Trần Văn Vót và Trần Ngọc Thanh, để điều tra về hai hành vi trên. Kết quả, Trần Ngọc Thanh bị hai cấp tòa sơ, phúc thẩm kết tội 15 năm tù về tội “giết người”, Trần Văn Vót bị kết án tù chung thân với hai tội “giết người” và “tàng trữ trái phép vũ khí quân dụng”.
Từ khi bị bắt, cả hai liên tục kêu oan. Đến năm 1997, Trần Ngọc Thanh (hiện đã chấp hành xong án) đã viết đến lá đơn kêu oan thứ 422. Còn Trần Văn Vót (hiện đang ở tù đến năm thứ 23) vẫn kiên quyết không nhận tội. Điều đặc biệt là suốt 23 năm qua, bố của nạn nhân Trần Văn Việt cũng liên tục kêu oan cho Trần Ngọc Thanh và Trần Văn Vót, khẳng định người đã ném trái lựu đạn để giết anh Việt và làm 21 người bị thương là người khác. Nhiều nhân chứng như Trần Ngọc Chinh, Trần Thế Huệ… đã lên tiếng trên báo chí, tố cáo mình đã bị cơ quan CSĐT ép cung, bắt phải khai là có nhìn thấy Vót, Thanh tại nơi xảy ra vụ án.
Nhiều nhân chứng khác như Trần Ngọc Chương, Trần Thanh Thu… cũng tố cáo đích danh kẻ ném trái lựu đạn đó là người khác chứ không phải Trần Văn Vót và Trần Ngọc Thanh.
Ngày 12/6/2015 và ngày 19/6/2015, Thủ tướng Chính phủ và Chủ tịch nước đã có công văn gửi Chánh án TANDTC và Viện trưởng VKSNDTC, yêu cầu phải xem xét lại vụ án trên. Được biết, TANDTC đã thành lập một tổ liên ngành gồm đại diện TANDTC, đại diện VKSNDTC và đại diện cơ quan điều tra Bộ Công an để cùng xem xét lại vụ án theo chỉ đạo của Thủ tướng và Chủ tịch nước. Nhưng đến nay vẫn chưa có kết quả.
Dư luận đang đỏ mắt mong chờ.