Để đáp ứng yêu cầu bảo vệ vùng biển rộng lớn của Tổ quốc, ngày 26/10/1975, Bộ Quốc phòng ra quyết định thành lập 5 vùng Duyên hải thuộc Bộ Tư lệnh Hải quân.
Trong đó, Vùng 3 Duyên hải được thành lập trên cơ sở đơn vị khu vực 5 (K5) - đơn vị quản lý căn cứ Cửa Việt, căn cứ đầu tiên của Hải quân nhân dân Việt Nam ở miền Nam năm 1972 và một số đơn vị khác có nhiệm vụ bảo vệ vùng biển, đảo từ Nam đèo Hải Vân đến mũi Kê Gà (Bình Thuận).
Trải qua 40 năm xây dựng, chiến đấu, phát triển và trưởng thành, các thế hệ cán bộ, chiến sĩ, công nhân viên quốc phòng Vùng 3 Hải quân luôn nêu cao ý chí tự lực, tự cường khắc phục mọi khó khăn hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ quản lý bảo vệ vững chắc chủ quyền biển, đảo, thềm lục địa được phân công; tìm kiếm, cứu hộ, cứu nạn trên biển; bảo vệ hoạt động kinh tế biển... xây đắp nên truyền thống “Tích cực chủ động, đoàn kết hiệp đồng, làm chủ vùng biển, quyết chiến quyết thắng”.
Với những thành tích đã đạt được Vùng 3 Hải quân đã được Đảng, Nhà nước tặng thưởng nhiều huân chương các hạng; toàn vùng có 4 tập thể và 1 cá nhân được tặng danh hiệu Anh hùng LLVT nhân dân. Nhân dịp này, Vùng 3 Hải quân vinh dự được Đảng, Nhà nước tặng thưởng Huân chương Bảo vệ Tổ quốc hạng Nhất.