Trong sản xuất, gia công, kinh doanh phân bón vượt mức yếu tố hạn chế theo quy định đối với phân bón hữu cơ, phân bón hữu cơ khoáng, phân bón khoáng hữu cơ, phân bón hữu cơ vi sinh, phân bón hữu cơ sinh học, phân bón sinh học, phân bón vi sinh và phân bón lá, phân bón có chất giữ ẩm, phân bón có chất tăng hiệu suất sử dụng, phân bón có khả năng tăng miễn dịch cây trồng, phân bón có chất điều hòa sinh trưởng, phân bón đất hiếm, phân bón cải tạo đất; Vi phạm yếu tố độc hại (biuret, asen, cadimi, chì, thủy ngân, axit tự do) quy định tương ứng đối với từng loại phân bón vô cơ sẽ bị phạt tiền từ 60.000.000 đồng đến 70.000.000 đồng và buộc thu hồi để tiêu hủy phân bón nếu phân bón gây hại cho sức khỏe con người, vật nuôi, cây trồng và môi trường đối với hành vi vi phạm nêu trên.
Việc kinh doanh phân bón mà sắp xếp phân bón lẫn với các loại hàng hóa khác hoặc không xếp phân bón lên kệ mà để phân bón tiếp xúc trực tiếp với nền nhà, mặt đất tại địa điểm kinh doanh sẽ bị phạt tiền tiền từ 1.000.000 đồng đến 3.000.000 đồng.
Kinh doanh phân bón đã bị đình chỉ sản xuất, đình chỉ tiêu thụ sẽ bị phạt cảnh cáo hoặc phạt tiền từ 100.000 đồng đến 300.000 đồng đối với trường hợp phân bón có giá trị dưới 1.000.000 đồng;
Phạt tiền từ 300.000 đồng đến 500.000 đồng đối với trường hợp phân bón có giá trị từ 1.000.000 đồng đến dưới 2.000.000 đồng;
Phạt tiền từ 500.000 đồng đến 1.000.000 đồng đối với trường hợp phân bón có giá trị từ 2.000.000 đồng đến dưới 3.000.000 đồng;
Phạt tiền từ 1.000.000 đồng đến 2.000.000 đồng đối với trường hợp phân bón có giá trị từ 3.000.000 đồng đến dưới 5.000.000 đồng;
Phạt tiền từ 2.000.000 đồng đến 3.000.000 đồng đối với trường hợp phân bón có giá trị từ 5.000.000 đồng đến dưới 10.000.000 đồng;
Phạt tiền từ 3.000.000 đồng đến 4.000.000 đồng đối với trường hợp phân bón có giá trị từ 10.000.000 đồng đến dưới 20.000.000 đồng;
Phạt tiền từ 4.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng đối với trường hợp phân bón có giá trị từ 20.000.000 đồng đến dưới 30.000.000 đồng;
Phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 7.000.000 đồng đối với trường hợp phân bón có giá trị từ 30.000.000 đồng đến dưới 40.000.000 đồng;
Phạt tiền từ 7.000.000 đồng đến 10.000.000 đồng đối với trường hợp phân bón có giá trị từ 40.000.000 đồng đến dưới 50.000.000 đồng;
Phạt tiền từ 10.000.000 đồng đến 13.000.000 đồng đối với trường hợp phân bón có giá trị từ 50.000.000 đồng đến dưới 70.000.000 đồng;
Phạt tiền từ 13.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng đối với trường hợp phân bón có giá trị từ 70.000.000 đồng đến dưới 100.000.000 đồng;
Phạt tiền từ 15.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng đối với trường hợp phân bón có giá trị từ 100.000.000 đồng trở lên và áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả buộc thu hồi phân bón đã bị đình chỉ sản xuất, đình chỉ tiêu thụ;
Buộc tiêu hủy phân bón bị đình chỉ sản xuất, đình chỉ tiêu thụ có chứa hàm lượng kim loại nặng, vi sinh vật gây hại và các chất độc khác vượt mức quy định đối với hành vi vi phạm nêu trên.
Về nhập khẩu phân bón, nếu tự ý viết thêm, tẩy xóa, sửa chữa, làm thay đổi nội dung trong Giấy phép nhập khẩu phân bón một trong các trường hợp: Để khảo nghiệm; chuyên dùng cho sân thể thao, khu vui chơi giải trí; chuyên dùng của các công ty có vốn đầu tư nước ngoài để phục vụ cho sản xuất trong phạm vi của công ty; phân bón sử dụng trong các dự án của nước ngoài tại Việt Nam, làm quà tặng, làm hàng mẫu; phân bón tham dự hội chợ, triển lãm; phục vụ nghiên cứu khoa học; trong Giấy phép nhập khẩu tự động đối với một số mặt hàng phân bón sé bị phạt tiền từ 3.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng và áp dụng hình thức xử phạt bổ sung tước quyền sử dụng Giấy phép nhập khẩu phân bón từ 1 tháng đến 3 tháng đối với hành vi vi phạm nêu trên.
