Theo Viện Quy hoạch Thủy lợi Miền Nam, kết quả dự báo của Trung tâm Đại dương và Khí quyển Quốc gia Hoa Kỳ (NOAA) cho thấy, lượng mưa ngày dự báo trên khu vực hạ lưu sông Mekong trong 6 ngày tới biến động khá lớn do ảnh hưởng của áp thấp nhiệt đới trên biển Đông.
Lượng mưa dự báo tăng mạnh vào ngày 12/6 và 13/6, đạt lớn nhất vào ngày 13/6 trên khu vực Trung Lào, và một phần của khu vực Hạ Lào, Thượng Lào và Thái Lan, lượng mưa ngày phổ biến từ 50 – 125 mm, một số nơi vượt quá 125 mm.
Đến ngày 14/6 lượng mưa lớn chỉ tồn tại một số nơi trên khu vực Thượng Lào, những ngày sau đó lượng mưa giảm mạnh xuống phổ biến dưới mức 10-20 mm.
Hiện nay mới chỉ bước vào thời kỳ đầu mùa mưa lũ. Mực nước trên dòng chính sông Mekong đang ở mức thấp.
Đến ngày 12/6, mực nước 7 giờ tại Kratie đạt 8,92 m thấp hơn 0,95 m so với trung bình nhiều năm (9,87 m), cao hơn 1,38 m so với năm 2015 (7,54 m).
Mực nước trên vùng ĐBSCL cũng đang ở mức thấp và biến đổi mạnh theo xu thế triều cường. Ngày 10/6 mực nước lớn nhất tại Tân Châu đạt 1,01 m thấp hơn 0,07 m so với trung bình nhiều năm (1,08 m), bằng với năm 2015 (1,01 m); mực nước tại Châu Đốc đạt 1,13 m cao hơn 0,13 m so với trung bình nhiều năm (1,00 m), bằng với năm 2015 (1,13 m).
Dự báo đến ngày 15/6/2021 mực nước tại Tân Châu đạt 1,25 m, tại Châu Đốc đạt 1,35 m.
Mưa do ảnh hưởng của áp thấp nhiệt đới xảy ra trên lưu vực là khá lớn, và phạm vi mưa khá rộng. Tuy nhiên, thời gian mưa không dài, mặt khác đây mới chỉ là trận mưa lớn đầu tiên trên lưu vực trong mùa mưa lũ năm nay, trước đó là thời kỳ mùa khô nắng nóng kéo dài.
Vì vậy, nhận định nguồn nước thượng nguồn trong những ngày tới có tăng lên do ảnh hưởng của mưa lớn từ áp thấp nhiệt đới, nhưng cường suất tăng là không lớn.