Theo Viện Quy hoạch Thủy lợi Miền Nam, mưa do ảnh hưởng của cơn bão số 3 ở mức cao trên khu vực thượng Lào vào ngày 8-9/9. Vì vậy, do ảnh hưởng bão số 3, nhận định nguồn nước trong 2 tuần tới trên các trạm dòng chính sông Mekong sẽ có xu thế tăng trở lại trên khu vực thượng trung Lào, và tiếp tục tăng trên khu vực hạ Lào và Campuchia.
Viện Quy hoạch Thủy lợi Miền Nam nhận định, lũ đầu nguồn sông Cửu Long sẽ tăng trong 1 đến 2 tuần tới do mưa lũ thượng nguồn tăng kết hợp triều cường cao (kỳ triều giữa tháng 8 âm lịch) và khả năng đạt đỉnh lũ tháng 9 vào khoảng từ 19-22/9.
Cụ thể, từ 19-22/9, tại Tân Châu dao động ở mức 3,1-3,3 m; thấp hơn mức báo động 1 (BĐ 1) từ 0,2-0,4 m; cao hơn năm 2023 từ 0,17-0,37 m. Mực nước tại trạm Châu Đốc được dự báo dao động ở mức 2,8-3,0 m; xấp xỉ hoặc thấp hơn mức BĐ 1 từ 0,0-0,2 m; cao hơn năm 2023 từ 0,03-0,23 m.
Mực nước lũ nội đồng ĐBSCL có xu thế tăng và nhiều khả năng đạt đỉnh lũ tháng 9 vào các ngày 19-22/9 do lũ đầu nguồn đổ về kết hợp triều cường. Theo đó, tại vùng thượng ĐBSCL, mực nước đỉnh lũ tháng 9 ở mức xấp xỉ và trên mức BĐ 1, cao hơn cùng kỳ năm 2023.
Vùng giữa ĐBSCL, mực nước đỉnh lũ tháng 9 biến đổi phổ biến ở mức BĐ 2 - BĐ 3, một số trạm trên mức BĐ 3, phổ biến cao hơn cùng kỳ năm 2023. Trong đó điển hình là 2 trạm Cần Thơ và Mỹ Thuận, mực nước đỉnh lũ dự báo ở mức cao. Mực nước lớn nhất ở Cần Thơ có thể đạt 2,18 m (cao hơn BĐ 3 0,18 m), Mỹ Thuận có thể đạt 2,17 m (cao hơn BĐ 3 0,37 m).
Vùng ven biển ĐBSCL, mực nước đỉnh lũ tháng 9 biến đổi phổ biến ở mức BĐ 2 và trên mức BĐ 2 đối với các trạm thuộc vùng ven biển Đông, và phổ biến từ BĐ 2- BĐ 3 và trên mức BĐ 3 đối với các trạm thuộc khu vực ven biển Tây, mực nước phổ biến thấp hơn cùng kỳ năm 2023.
Mực nước lớn nhất tháng 9 dự báo đạt 3,3 m tại Tân Châu vào thời kỳ nửa cuối tháng, thời gian này vụ hè thu dự kiến thu hoạch cơ bản 100% diện tích xuống giống nên hầu hết không bị ảnh hưởng. Với mức lũ này, về cơ bản hệ thống ô bao, bờ bao trên vùng thượng ĐBSCL vẫn đủ khả năng đáp ứng bảo vệ sản xuất. Tuy nhiên, do triều cường được dự báo ở mức khá cao kết hợp lũ đầu nguồn gia tăng và mưa cục bộ ngày càng bất thường nên khả năng gây ảnh hưởng ngập úng ở các địa phương thuộc vùng giữa và vùng ven biển ở ĐBSCL là không tránh khỏi.