Theo Bộ TN-MT, cả nước hiện có 1.110 công trình và DA thủy điện được quy hoạch với tổng công suất lắp máy khoảng 25.290 MW. Diện tích đất được quy hoạch, thu hồi và giao, cho thuê đối với hơn 1.000 DA thủy điện vừa và nhỏ khoảng 109.569 ha, trong đó diện tích đất rừng chiếm khoảng 32.373 ha.
Đến nay, có 239 công trình thủy điện đã hoàn thành xây dựng và vận hành phát điện (chiếm 21,5% tổng số DA với tổng công suất lắp máy 13.066 MW; 217 công trình đang xây dựng với tổng công suất lắp máy 6.953 MW; 294 DA đang nghiên cứu đầu tư và 360 DA chưa có chủ trương đầu tư hoặc chưa có nhà đầu tư quan tâm với tổng công suất lắp máy 5.327 MW (chiếm 59% tổng số dự án, 21% tổng công suất).
Báo cáo của Bộ TN-MT gửi ĐBQH tại kỳ họp thứ 5 cho biết: Ngân sách của các tỉnh dành cho nghiên cứu quy hoạch thủy điện còn hạn chế nên chất lượng quy hoạch và thiết kế cơ sở thường xuyên phải điều chỉnh, bổ sung. Đến nay, sau khi rà soát đã đề xuất loại khỏi quy hoạch 116 DA thủy điện nhỏ và không xem xét bổ sung vào quy hoạch 156 vị trí có tiềm năng khai thác.
Thực tế vẫn còn có hiện tượng ban hành quyết định thu hồi và giao đất trái thẩm quyền (tại DA thủy điện Vĩnh Sơn 5, huyện Vĩnh Thạnh, tỉnh Bình Định). Một số địa phương chưa chỉ đạo các Sở, ngành chức năng rà soát và xử lý diện tích đất đã giao cho các chủ đầu tư DA nhưng không còn nhu cầu sử dụng (như ở Gia Lai, Tuyên Quang). Việc thu hồi, chuyển mục đích, giao đất, cho thuê đất đối với một số DA thuỷ điện triển khai còn chậm (31/76 dự án được thanh tra chưa hoàn tất thủ tục về đất đai).
Một số DA chưa hoàn tất việc lập hồ sơ về xin giao đất, thuê đất, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất nhưng đã xây dựng công trình, lấn chiếm đất hành lang an toàn giao thông để xây dựng nhà máy, trạm biến thế, cửa vào đường hầm dẫn nước như DA Thủy điện Mường Kim (tỉnh Yên Bái). Nhiều DA chưa đăng ký chủ nguồn thải chất thải nguy hại theo quy định.
Đặc biệt còn nhiều DA chưa có giấy phép khai thác nước mặt theo quy định, chưa có biện pháp duy trì dòng chảy tối thiểu hoặc có biện pháp nhưng không bảo đảm duy trì dòng chảy tối thiểu theo quy định. Nhiều DA không có khả năng điều tiết nước về mùa lũ, chưa thực hiện cắm mốc hành lang bảo vệ hồ chứa theo quy định.
Một số DA thủy điện như Thủy điện Vĩnh Sơn, Thủy điện An Khê - Ka Nak trên sông Ba chuyển dòng về sông Côn, tỉnh Bình Định khiến hạ lưu sông Ba thiếu nước nghiêm trọng, ảnh hưởng đến đời sống, sản xuất của hàng ngàn người dân vùng hạ lưu dọc sông Ba. Thủy điện Đakmi 4 của IDICO thiết kế theo phương án chuyển nước, không trả nước về dòng cũ, ảnh hưởng hàng chục ngàn héc ta đất sản xuất nông nghiệp, đời sống của nhân dân và tranh chấp giữa các địa phương Quảng Nam và Đà Nẵng.
