Nước ngầm ở An Giang có trữ lượng khá dồi dào, có thể khai thác và phục vụ sản xuất công nghiệp và sinh hoạt. Theo đánh giá của Liên đoàn địa chất - thủy văn, nước ngầm ở vùng dọc theo sông Hậu và phía Tây Bắc của tỉnh có thể khai thác được ở độ sâu 80 - 100m và 250 - 300m với trữ lượng khai thác công nghiệp có thể đạt tới 30.000 m3/ngày và trữ lượng tiềm năng 85.000 m3/ngày.
Nhưng nước ngầm hiện nay ở An Giang mới chỉ được khai thác để phục vụ sản xuất, sinh hoạt, chưa được khai thác nhiều ở quy mô công nghiệp. Theo thống kê chưa đầy đủ, toàn tỉnh có 7.133 giếng khoan, phục vụ sinh hoạt 92,14%, phục vụ sản xuất 7,86% và khảo sát sơ bộ có khoảng 240 giếng bị ô nhiễm hoặc có nguy cơ nhiễm bẩn các loại, số giếng này cần được xử lý san lấp để bảo vệ nguồn nước.
Bên cạnh đó, nước mặt của tỉnh khá dồi dào có khả năng khai thác đa mục tiêu trong đó quan trọng nhất là mục tiêu sản xuất nông nghiệp và nuôi trồng thủy sản. Nước mặt chủ yếu từ sông Tiền, sông Hậu và hơn 280 tuyến sông rạch lớn khác; lưu lượng của các sông khá lớn nên đủ cung cấp nước cho các hoạt động sản xuất và sinh hoạt kể cả trong mùa khô (lưu lượng trung bình của hệ thống sông này là 13.800 m3/s/năm với lưu lượng mùa lũ lên tới 24.000 m3/s và mùa cạn còn 5.020 m3/s).
Tuy nhiên, trong những năm gần đây, dưới tác động của nhiều yếu tố như xâm nhập mặn, xây dựng các đập thủy điện ở thượng nguồn sông Mê Kông, ô nhiễm môi trường nước cũng gây ảnh hưởng rất lớn nguồn nước mặt của tỉnh.
Hiện nay, An Giang vẫn tiếp tục chương trình cải tạo, nâng cấp và xây mới các nhà máy nước ở khu dân cư tập trung và các cụm công nghiệp. Tiếp tục xây thêm hồ chứa trên núi để dự trữ cho mùa khô và phục vụ cho các huyện vùng núi.
