Môi trường sống của lúa bao gồm thời tiết, nguồn nước tưới và đất canh tác. Ở Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL), thời tiết và nước tưới ở đầu vụ đông xuân rất thuận lợi cho cây lúa sinh trưởng và phát triển so với những vụ khác trong năm, nó không là yếu tố giới hạn.
Đối với môi trường đất, độc chất phèn, mặn có trong đất ở đầu vụ đông xuân cũng không phải là yếu tố gây bất lợi cho cây lúa, vì sau một mùa mưa, nước mưa và nước sông từ thượng nguồn đổ về đã rửa đi các độc chất này.
Tuy nhiên, khi canh tác lúa liên vụ thì vấn đề ngộ độc hữu cơ đầu vụ đông xuân thật sự là yếu tố gây bất lợi cho sự sinh trưởng của cây lúa, cần phải được giải quyết tốt khi chuẩn bị đất cho vụ lúa này. Vì vụ lúa thu đông (vụ lúa trước vụ đông xuân) thu hoạch trong mùa mưa nên việc xử lý rơm rạ gặp nhiều khó khăn khi chuẩn bị đất cho vụ đông xuân.
Phần lớn nông dân phải hối hả làm đất bằng cách xới vùi rơm rạ tươi vào đất rồi cho nước vào trục, đánh bùn xuống giống cho kịp thời vụ, nhất là những vùng đất ven biển thường hay bị thiếu nước cuối vụ. Khi vùi rơm rạ như vậy, vi sinh vật phân hủy yếm khí theo tiến trình lên men sản sinh ra nhiều độc chất hữu cơ gây hại lúa như acetic, butyric, propionic acid ...; phát thải khí CH4, C2H4 và H+ làm chua đất.
Khi đó rễ lúa bị ngộ độc chết đen làm giảm khả năng hấp thụ dưỡng chất, ảnh hưởng đến sự sinh trưởng và năng suất lúa. Ngoài ra, việc rơm rạ phân hủy trong điều kiện ngập nước, yếm khí cũng tạo ra độc chất H2S, làm giảm khả năng hấp thụ dưỡng chất, vì sự hô hấp của rễ lúa bị giảm do rễ phải giải phóng O2 để oxy hóa H2S.
Tuy nhiên, tác hại của H2S phụ thuộc vào hàm lượng H2S trong đất, khả năng oxy hóa và chịu đựng của rễ. Do đó, khi chuẩn bị đất cho vụ lúa đông xuân cần có biện pháp xử lý rơm rạ để hạn chế sản sinh độc chất gây hại lúa và phát thải thấp khí nhà kính. Biện pháp chuẩn bị đất này phải được thực hiện cùng với giải pháp hóa giải độc chất hữu cơ và cường sức để tăng khả năng chống chịu cho cây lúa.
Thu gom rơm rạ mang ra khỏi ruộng ủ làm phân hữu cơ rồi bón trả lại cho ruộng lúa là biện pháp chuẩn bị đất rất tốt, hạn chế ngộ độc hữu cơ nhưng đòi hỏi phải có nhiều công lao động và máy móc hỗ trợ, vì vậy tính khả thi của biện này đã bị hạn chế.
Còn biện pháp phân hủy rơm rạ ngay trên ruộng có bổ sung “vi sinh phân hủy rơm rạ” có tính khả thi cao hơn. Biện pháp này được thực hiện như sau: Khi thu hoạch lúa thu đông, rơm được băm và rải đều trong ruộng bằng máy gặt đập liên hợp.
Bón phân Đầu Trâu Bio-Canxi là loại phân cung cấp Canxi và vi sinh vật có lợi cho đất; giúp đuổi mặn, hạ phèn, gia tăng pH đất; phân hủy nhanh rơm rạ trên ruộng, hoàn trả lại dinh dưỡng cho đất, hạn chế ngộ độc hữu cơ và giảm phát thải. Ngoài ra, trong phân còn có vi sinh vật cố định N và phân giải P. Cày xới vùi phân ngay sau khi bón và giữ cho đất ẩm khoảng 2-3 tuần.
Biện pháp chuẩn bị đất như trên được thực hiện ở 5 tỉnh An Giang, Hậu Giang, Đồng Tháp, Long An, Tây Ninh. Kết quả cho thấy pH dung dịch đất đầu vụ trong mô hình tăng lên, rơm rạ được phân hủy tốt hơn và axit hữu cơ giảm nhiều hơn có ý nghĩa thống kê so với đối chứng. Năng suất trung bình của các mô hình là 7,62 tấn/ha cao hơn so với đối chứng 1,08 tấn/ha (tăng 16,5 %).