Mục tiêu chung của kế hoạch là cụ thể hóa nhiệm vụ kế hoạch CCHC của Bộ góp phần thúc đẩy tái cơ cấu ngành, xây dựng nông thôn mới, nâng cao hiệu lực quản lý nhà nước.
Theo đó, mục tiêu cụ thể là hoàn thành kế hoạch chương trình, đề án, văn bản quy phạm pháp luật năm 2016 của Bộ; Tiếp tục đơn giản hoá thủ tục hành chính nhằm nâng cao năng lực cạnh tranh, tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp; Tăng cường nâng cao chất lượng xử lý, kiến nghị của người dân và doanh nghiệp; Tiếp tục hoàn thiện hệ thống tổ chức ngành NN-PTNT ở địa phương (cấp xã); Đẩy mạnh thực hiện cải cách công vụ, công chức; Quản lý công chức viên chức theo đề án vị trí việc làm; Tăng cường đào tạo, bồi dưỡng nâng cao năng lực đội ngũ cán bộ, công chức viên chức ngành; Thực hiện xã hội hóa dịch vụ công lập, dự toán, phân bổ, cân đối ngân sách và quản lý chi tiêu được cải tiến, đảm bảo tiết kiệm, chống lãng phí.
Bên cạnh đó, đẩy mạnh ứng dụng phần mềm, cơ sở dữ liệu, công nghệ thông tin trong quản lý chuyên ngành, công tác chỉ đạo điều hành của Bộ và các đơn vị; Triển khai cung cấp dịch vụ công trực tuyến mức độ 3, 4 theo kế hoạch; Tập trung triển khai Cơ chế một cửa quốc gia tại Bộ và các đơn vị theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ và Ban chỉ đạo quốc gia; Thực hiện, áp dụng hiệu quả hệ thống ISO 9001:2008 của Bộ.
Tiếp đến, đẩy mạnh công tác chỉ đạo điều hành CCHC của Bộ và các đơn vị, tăng cường vai trò lãnh đạo của tổ chức Đảng, thủ trưởng đơn vị, sự phối hợp của tổ chức đoàn thể trong chỉ đạo điều hành thực hiện nhiệm vụ kế hoạch CCHC năm 2016.