Cáo trạng số 1518/CT-VKSTC-V6 xác định, tháng 9/2016, Nguyễn Hữu Tài đầu thú hành vi cùng đồng phạm bắt, đánh một người nợ tiền mình. Tài bị ra lệnh tạm giữ 4 ngày nhưng gia đình của Tài đã tìm gặp ông Phùng Văn Bảy (người quen ông Phùng Anh Lê nguyên trưởng CA quận Tây Hồ-Hà Nội) nhờ "giúp đỡ".
Ông Bảy đặt vấn đề và được ông Lê đồng ý thả Tài với điều kiện đưa mình 110 triệu đồng. Tối 22/9/2016, ông Bảy tới phòng làm việc của ông Lê, giao tiền và nói: “Cháu xem giúp hòa giải cho nó về”.
Nhận tiền xong, ông Lê chỉ đạo Nguyễn Đức Châu, nguyên Đội trưởng Hình sự, chỉ đạo Lê Đình Trung, nguyên Phó đội thi hành án hình sự, giao Tài cho Vũ Công Ngọc, Phó đội hình sự. Tài được thả vào khoảng 0h ngày 23/9/2016, chưa đầy một ngày sau khi bị tạm giữ. Sau đó, Tài và nạn nhân bị anh ta bắt giữ được gọi lên CA quận Tây Hồ-Hà Nội để “hòa giải”.
Bẵng đi 06 năm sau, tới năm 2021, Công an TP. Hà Nội bỗng phát hiện hành vi phạm tội của Tài chưa bị xử lý nên khởi tố; tòa án sau đó phạt Tài 24 tháng tù. Lúc này, ông Phùng Anh Lê đã chuyển công tác lên vị trí Trưởng phòng cảnh sát kinh tế, Công an TP. Hà Nội. Ông Phùng Anh Lê liền bị khởi tố điều tra với cáo buộc thả người vi phạm trái pháp luật.
VKSND Tối cao đánh giá: Bị can Lê là Trưởng Công an quận, Thủ trưởng Cơ quan điều tra nên biết rõ Nguyễn Hữu Tài đang bị tạm giữ để phục vụ cho việc kiểm tra xác minh thông tin tội phạm. Tuy nhiên, khi được ông Phùng Văn Bảy đặt vấn đề, Lê đã “lợi dụng chức vụ quyền hạn”, yêu cầu đưa 110 triệu đồng rồi chỉ đạo cấp dưới thả người.
Cáo trạng xác định, người chủ động khai ra hành vi nhận tiền, thả người của Phùng Anh Lê là ông Phùng Văn Bảy. Theo đó, "ông Bảy đã thành khẩn, chủ động tự khai ra nội dung đưa tiền cho Lê để giúp đỡ Tài...", cáo trạng nêu.
Ông Phùng Anh Lê cũng được xác định trong quá trình điều tra đã: “không thừa nhận việc chiếm hưởng 110 triệu đồng, không chỉ đạo cấp dưới thả người vi phạm trái pháp luật”, ông Lê khẳng định ông bị khởi tố oan. Trước khi bị khởi tố, vợ chồng ông Phùng Anh Lê đã gặp ông Bảy, yêu cầu người này xin lỗi vì đã khai báo việc đưa tiền không đúng sự thật, làm ảnh hưởng đến cá nhân ông Lê và gây khó khăn cho hoạt động điều tra của cơ quan điều tra.
Trong vụ án này, 3 thuộc cấp của ông Phùng Anh Lê bị truy tố tội “Tha trái pháp luật người bị bắt, người đang bị tạm giữ tạm giam, người đang chấp hành án phạt tù” gồm Nguyễn Đức Châu, Vũ Công Ngọc, Lê Đình Trung
Toàn bộ quá trình điều tra, CQĐT- VKSNDTC đã kết luận ông Phùng Anh Lê không phạm tội “không truy cứu trách nhiệm hình sự người có tội”. Tuy nhiên, kết luận điều tra bổ sung số 04/BKL-VKSNDTC-C1(p3) ngày 02/04/2022 thì cơ quan điều tra- VKSNDTC lại vẫn xác định ông Lê là “chủ mưu, chỉ đạo cấp dưới tha trái pháp luật đối với Nguyễn HữuTài.
Ngày 15/03/2022, CQĐT-VKSNDTC ra Quyết định thay đổi Quyết định khởi tố vụ án hình sự số 02/QĐVKSTC-C1 (p3) từ tội “không truy cứu trách nhiệm hình sự người có tội” sang tội “nhận hối lộ”.
Theo Cáo trạng thì sau khi Nguyễn Hữu Tài bị tạm giữ tại Công an quận Tây Hồ, khoảng 21h30 ngày 22/09/2016 tại khu vực vỉa hè đối diện trụ sở Công an quận Tây Hồ, chị Nguyễn Thu Hiền, ông Nguyễn Văn Hà, Nguyễn Văn Thắng đưa bọc tiền 103 triệu đồng cho ông Phùng Văn Bảy. Ông Bảy bỏ thêm 07 triệu đồng rồi cầm bọc tiền 110 triệu đồng, một mình lên phòng làm việc của ông Phùng Anh Lê tại trụ sở Công an quận Tây Hồ. Ông Bảy đã đưa cho ông Lê 110 triệu đồng để sắp xếp cho Nguyễn Hữu Tài hòa giải với người bị hại. Sau khi nhận tiền, ông Lê chỉ đạo cấp dưới mang hồ sơ báo cáo và chỉ đạo cấp dưới thả Nguyễn Hữu Tài trái pháp luật.
Được biết, xuyên suốt quá trình điều tra vụ án này, ông Phùng Anh Lê một mực khẳng định phủ nhận cáo buộc của Cơ quan Điều tra.
Nội dung Kết luận Điều tra và Cáo trạng của Viện Kiểm sát cũng không nêu rõ chứng cứ nào khác ngoài lời khai của ônh Bảy để quy buộc ông Phùng Anh Lê vào tội “nhận hối lộ”.
Đối với lời khai của ông Thắng, ông Hà, bà Hiền khai ông Bảy đã cầm 110 triệu đồng tại quán nước đối diện trụ sở Công an quận tây Hồ rồi một mình ông Bảy đi vào Công an quận Tây Hồ. Do đó, lời khai của các ông bà nêu trên đủ căn cứ chứng minh ông Bảy cầm tiền và một mình đi vào trụ sở Công an quận Tây hồ. Sau đó ông Bảy gặp ai? làm gì? có đưa tiền cho ai không? thì không ai biết, không ai chứng kiến.
Như vậy nếu bản Cáo trạng chỉ lấy lời khai của các ông bà Thắng, Hà, Hiền dùng làm căn cứ buộc tội mà không làm rõ ông Phùng Anh Lê đã nhận 110 triệu đồng của ông Bảy như thế nào là chưa vững chắc pháp lý về chứng cứ.
Theo quy định tại khoản 1, Điều 87 Bộ luật TTHS 2015 thì “nguồn chứng cứ” gồm: Vật chứng, lời khai, lời trình bày, dữ liệu điện tử…các tài liệu, đồ vật khác. Đối chiếu với vụ án này thì vật chứng là “tiền hoặc vật khác có giá trị chứng minh phạm tội và người phạm tội hoặc có ý nghĩa trong việc giải quyết vụ án” đã không thu thập được. Về lời khai, lời trình bày thì chỉ có lời khai duy nhất của ông Phùng Văn Bảy, người được cho là gặp trực tiếp đưa tiền cho ông Phùng Anh Lê. Ngoài ra các nguồn chứng cứ khác đều không thu thập được hoặc không có.
Với những uẩn khúc đã nêu, dư luận cho rằng các cơ quan tố tụng cần làm rõ lý do vì sao lại phải chuyển tội danh đối với ông Phùng Anh Lê từ tội “tha trái pháp luật người bị bắt, người đang bị tạm giữ, tạm giam, người đang chấp hành án phạt tù” sang tội “nhận hối lộ” và việc chuyển đổi tội danh này có đủ căn cứ vững chắc hay chưa?