Quy hoạch thủy lợi chống ngập úng khu vực TP.HCM được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt trong Quyết định 1547/QĐ-TTg ngày 28/10/2008 (gọi tắt là Quy hoạch 1547).
Quy hoạch thủy lợi chống ngập úng phân chia khu vực TP.HCM thành 3 vùng kiểm soát nước. Vùng 1 bao gồm toàn bộ khu vực bờ hữu sông Sài Gòn - Nhà Bè, trong đó có khu vực nội thành cũ, khu vực phía Nam thành phố và một phần tỉnh Long An (bờ tả sông Vàm Cỏ và Vàm Cỏ Đông) chủ yếu là vùng đất canh tác và hoang hóa có nhu cầu về cải tạo đất mặn, phèn.
Vùng 2 gồm toàn bộ khu vực ngã ba sông Đồng Nai - Sài Gòn, là vùng đang phát triển, tình hình tiêu thoát nước thuận lợi hơn do đó có thể bố trí công trình để chống ngập, tiêu nước.
Vùng 3 bao gồm toàn bộ khu vực bờ tả sông Nhà Bè - Soài Rạp, hiện tại là vùng sinh quyển nở, có thể xây dựng các công trình kiểm soát nước, quy mô lớn trong tương lai, tùy thuộc vào tình hình, diễn biến nước biển dâng và quá trình phát triển đô thị phía Nam thành phố.
Theo PGS.TS Nguyễn Phú Quỳnh, Phó Viện trưởng Viện Khoa học thủy lợi Miền Nam, đã xuất hiện những khó khăn, vướng mắc trong quá trình triển khai Quy hoạch 1547.
Khó khăn đầu tiên là chưa đồng bộ về không gian phát triển đô thị. Cụ thể, ở vùng kiểm soát nước 1, phần thuộc TP.HCM là đô thị, nhưng vùng thuộc tỉnh Long An chủ yếu là nông nghiệp. Do đó, đưa cả vùng thuộc Long An vào Quy hoạch thủy lợi chống ngập úng khu vực TP.HCM là không phù hợp, vì sẽ có những lúc tiến hành chống ngập úng cho TP.HCM thì lại có thể ảnh hưởng tới sản xuất nông nghiệp ở vùng thuộc Long An.
Mặt khác, theo quy hoạch, trong khi một số cống này nằm trên địa bàn TP.HCM, thì một số cống khác lại trên địa bàn tỉnh Long An, khi đưa những cống này vào chung một cụm thì sẽ phải có một trung tâm vận hành liên tỉnh, như vậy sẽ rất phức tạp, nhất là trong bối cảnh ngập ở TP.HCM ngày càng nghiêm trọng.
Thấy được những bất cập đó, năm 2016, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành quyết định điều chỉnh Quy hoạch thủy lợi chống ngập úng khu vực TP.HCM. Theo đó, thay vì chống ngập cho cả một phần diện tích của tỉnh Long An, thì chỉ làm đến cống Cây Khô, chặn ở khu vực phía Nam của TP.HCM, tức là nằm gói gọn trong địa bàn thành phố.
Ông Quỳnh cho rằng, với sự điều chỉnh trên, đến bây giờ, Quy hoạch thủy lợi chống ngập úng khu vực TP.HCM vẫn còn nguyên giá trị, bởi vì thực tế Quy hoạch này đã tính đến yếu tố biến đổi khí hậu. Tuy nhiên, cũng cần nghiên cứu, xem xét điều chỉnh, bổ sung một số hệ thống thoát nước.
Trước hết, để thoát nước nhanh từ khu vực đô thị TP.HCM ra kênh, cần phải làm thêm các hệ thống thoát nước từ bên trong đô thị ra các con kênh một cách tốt nhất có thể.
Ngoài ra, ở vùng 2 (Thành phố Thủ Đức) cũng phải nghiên cứu, nếu cần thiết thì xem xét điều chỉnh, bổ sung một số công trình.
Vì trong Quy hoạch thủy lợi chống ngập úng khu vực TP.HCM, ở vùng 2, phương án đặt ra là với khu đô thị cần tôn nền cao trên mực nước lũ khoảng +2,5m, cải tạo sông rạch để nâng cao khả năng thoát nước … Nhưng thực tế cho thấy nền của khu vực đô thị hiện hữu là không thể nâng lên được, bởi vì đô thị đã xây dựng rồi và tốc độ lún đang rất nhanh. Do đó, để chống ngập úng cho vùng 2, có thể sẽ phải làm các cống ngăn triều, chẳng hạn ở chỗ Rạch Chiếc, giồng Ông Tố …
Ông Nguyễn Phú Quỳnh khẳng định, nếu như TP.HCM triển khai thực hiện xong các công trình thuộc Quy hoạch thủy lợi chống ngập úng khu vực TP.HCM, việc chống ngập do triều cường, kể cả hiện tại và trong tương lai, thì ít nhất năm, bảy chục năm tới sẽ không có vấn đề gì lớn.