Được thành lập năm 1990 trên cơ sở sáp nhập một số đơn vị thuộc Tổng Cty Rau quả Việt Nam, đến nay, Viện Nghiên cứu Rau quả đang từng bước khẳng định vị thế của một đơn vị hàng đầu miền Bắc về lĩnh vực rau, hoa và cây ăn quả. Hàng trăm giống rau và cây ăn quả chủ lực tại miền Bắc như vải, nhãn, chuối, các giống cây có múi, cà chua, dưa chuột, ớt… và hàng chục giống hoa có tính thương mại cao đã được Viện nghiên cứu chọn tạo thành công, đưa ra SX rộng rãi tại các tỉnh miền Bắc.
Bên cạnh đó, Viện đã nghiên cứu, hoàn thiện nhiều quy trình canh tác rau và cây ăn quả giúp tăng năng suất, chất lượng cho sản phẩm, từng bước áp dụng các kỹ thuật canh tác công nghệ cao, công nghệ sinh học theo hướng hiện đại…
Trong bối cảnh XK mặt hàng rau quả Việt Nam thời gian qua gặt hái nhiều thành công lớn, kim ngạch XK vượt dự kiến, nhiều mặt hàng hoa quả đã và đang thâm nhập sang các thị trường khó tính như Mỹ, Nhật Bản, EU…, vai trò đầu tàu nghiên cứu rau – hoa quả là nhiệm vụ quan trọng Viện Nghiên cứu Rau quả phải gánh vác.
Với những thành tích đạt được, tại lễ kỷ niệm, Viện Nghiên cứu Rau quả đã vinh dự được Thủ tướng Chính phủ tặng bằng khen vì đã có thành tích xuất sắc trong giai đoạn 2009 – 2014. Nhân dịp này, Chủ tịch nước cũng đã trao tặng Huân chương Lao động hạng Ba cho các ông: PGS.TS Trịnh Khắc Quang (nguyên Viện trưởng Viện Nghiên cứu Rau quả, nay là quyền Viện trưởng Viện KHNN Việt Nam); TS Đỗ Đình Ca - Trưởng phòng Công nghệ sinh học; TS Nguyễn Quốc Hùng, đương kim Viện trưởng và TS Ngô Hồng Bình- Phó Viện trưởng…