Mục tiêu của quy hoạch là nhằm xây dựng hệ thống quan trắc môi trường quốc gia đồng bộ, tiên tiến hiện đại, giám sát được các khu vực trọng yếu có tính chất liên vùng, liên tỉnh, xuyên biên giới, khu vực tập trung nhiều nguồn thải và thực hiện quan trắc đa dạng sinh học tại các khu bảo tồn thiên nhiên, hành lang đa dạng sinh học, khu vực đa dạng sinh học cao; tăng cường tính liên kết với các hệ thống quan trắc môi trường cấp tỉnh; bảo đảm theo dõi diễn biến chất lượng môi trường; đáp ứng yêu cầu về cung cấp, công bố, công khai thông tin, dữ liệu quan trắc môi trường và nâng cao năng lực cho công tác cảnh báo, dự báo môi trường.
Theo đó, đối với mạng lưới quan trắc chất lượng không khí, giai đoạn 2021 – 2030, duy trì 19 trạm quan trắc chất lượng không khí tự động, liên tục đã được vận hành; hoàn thành đầu tư, lắp đặt 18 trạm quan trắc chất lượng không khí tự động, liên tục đang được triển khai tại các vị trí quan trắc được kế thừa từ quy hoạch trước.
Tiếp tục đầu tư, bổ sung mới để hoàn thiện 31 trạm quan trắc môi trường không khí tự động liên tục trên cả nước, trong đó bao gồm 6 trạm quan trắc tự động, liên tục chất lượng không khí nền tại 6 vùng kinh tế - xã hội.
Đối với mạng lưới quan trắc chất lượng nước mặt: thiết lập, hoàn thiện mạng lưới quan trắc tự động, liên tục chất lượng môi trường nước sông, hồ liên tỉnh tại các vị trí đầu nguồn, xuyên biên giới và các vị trí giáp ranh giữa các tỉnh. Xây dựng các mạng lưới quan trắc chất lượng nước mặt định kỳ tại dòng chính của các sông, hồ liên tỉnh có vai trò quan trọng trong phát triển kinh tế -xã hội, bảo vệ môi trường.
Đối với quan trắc chất lượng nước cửa sông và nước biển: duy trì, mở rộng quan trắc tại các điểm cửa sông, ven biển theo quy hoạch trước đây; thiết lập mạng lưới quan trắc chất lượng nước biển tại các vùng biển thuộc chủ quyền, quyền chủ quyền và quyền tài phán của Việt Nam theo quy định của pháp luật Việt Nam.
Đối với quan trắc chất lượng đất: xây dựng các chương trình quan trắc có tính mở, phù hợp với mục tiêu bảo vệ môi trường đất theo quy định của Luật Bảo vệ môi trường.
Đối với mạng lưới quan trắc nước dưới đất: thực hiện quan trắc tại các khu vực đông dân cư, khu vực có vai trò quan trọng trong phát triển kinh tế -xã hội, bảo vệ môi trường.
Đối với mạng lưới quan trắc mưa axit: thiết lập mạng lưới quan trắc trên cơ sở kế thừa, sử dụng cơ sở vật chất từ các trạm quan trắc hiện có và các trạm đang được đầu tư.
Đối với mạng lưới quan trắc đa dạng sinh học: ưu tiên triển khai quan trắc tại các khu bảo tồn thiên nhiên có danh hiệu quốc tế, hướng tới tổ chức triển khai đồng bộ tại các khu bảo tồn thiên nhiên trên phạm vi toàn quốc theo lộ trình và các chỉ thị quan trắc đa dạng sinh học.
Đến năm 2050, tăng cường đầu tư, mở rộng các trạm quan trắc chất lượng không khí và chất lượng nước tự động, liên tục, áp dụng các công nghệ quan trắc mới hướng tới thay thế dần các điểm quan trắc chất lượng không khí, nước mặt định kỳ bằng các trạm quan trắc chất lượng không khí, chất lượng nước tự động, liên tục.
Tổ chức thực hiện quan trắc đa dạng sinh học tại các hành lang đa dạng sinh học và khu vực đa dạng sinh học cao đã được thành lập.
Nghiên cứu, ứng dụng các công nghệ hiện đại, các mô hình xử lý thông tin có sử dụng trí tuệ nhân tạo, triển khai toàn diện mô hình chuyển đổi số trong việc quản lý, phân tích dữ liệu quan trắc môi trường phục vụ cho hoạt động dự báo chất lượng môi trường.