Cụ thể, ông Phạm Chí Dũng bị buộc tội Làm, tàng trữ, phát tán hoặc tuyên truyền thông tin, tài liệu, vật phẩm nhằm chống phá Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam theo khoản 2 Điều 117 Bộ luật Hình sự khung hình phạt 10-20 năm tù.
Với vai trò đồng phạm, ông Nguyễn Tường Thuỵ (71 tuổi) và Lê Hữu Minh Tuấn (32 tuổi, sinh viên Đại học Luật Hà Nội) cùng bị tuyên phạt 11 năm tù. Cả 3 bị cáo bị quản chế 3 năm sau khi chấp hành xong hình phạt.
Theo Hội đồng xét xử, các bị cáo đều có trình độ nhưng do thường xuyên tiếp xúc với những người bất mãn về chính trị, đăng tải nhiều bài viết có nội dung xuyên tạc chủ trương, đường lối chính sách của Đảng và Nhà nước.
Bản án nêu rõ: "Đủ cơ sở xác định cáo trạng truy tố đúng người, đúng tội, đúng pháp luật. Hành vi của các bị cáo gây nguy hiểm cho xã hội, chống phá Nhà nước đặc biệt nghiêm trọng, gây chia rẽ đoàn kết xã hội, quần chúng nhân dân".
Theo cáo trạng, ngày 4/7/2014, ông Thụy, Dũng và 39 người tuyên bố thành lập Hội Nhà báo độc lập Việt Nam nhằm "đấu tranh, làm thay đổi thể chế chính trị Việt Nam" hiện nay. Trong đó, Dũng giữ chức Chủ tịch, ông Thụy là cấp phó phụ trách Chi hội miền Bắc.
Bị cáo Dũng sau đó lập web và blogger Việt Nam Thời báo đăng bài viết của mình và các cộng tác viên có nội dung chống phá Nhà nước; đồng thời lôi kéo, phát triển hội viên trong và ngoài nước. Dũng cũng lập ra các dự án truyền thông và kêu gọi đóng góp tiền tạo quỹ hoạt động cho hội.
Lê Hữu Minh Tuấn được giao nhiệm vụ quản trị, bảo mật, cài đặt kỹ thuật để liên kết hai trang web và blogge... đồng thời đăng các thông tin sau khi Dũng duyệt.
Kết quả điều tra cho rằng, ông Phạm Chí Dũng dùng nhiều bút danh để viết, đăng 1.530 tin bài; ông Thụy sử dụng hai bút danh cho 245 bài, Tuấn đăng 534 bài. Trong đó, ông Phạm Chí Dũng có 25 bài có nội dung tuyên truyền, xuyên tạc, phỉ báng chính quyền nhân dân, xâm phạm uy tín của Đảng Cộng sản Việt Nam, nhằm chống Nhà nước CHXHCN Việt Nam.
Ông Thụy có 5 bài và ông Tuấn có 6 bài mang nội dung tương tự.
Ngoài ra, ông Phạm Chí Dũng còn bị cho là ký hợp đồng viết bài, trả lời phỏng vấn các trang tin, cơ quan truyền thông nước ngoài với mục đích "đấu tranh làm thay đổi thể chế chính trị Việt Nam".
Ông Phạm Chí Dũng từng công tác tại Thành ủy TP HCM. Năm 2012, ông bị điều tra về hành vi tương tự cáo buộc lần này.