Theo GS.TS Nguyễn Hồng Sơn, Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam (Bộ NN-PTNT), quá trình thay đổi cơ cấu cây trồng, hình thành các vùng sản xuất chuyên canh, tập trung; tăng diện tích trồng cây lâu năm; gia tăng mức độ thâm canh, sử dụng phân bón hoá học, giảm sử dụng phân bón hữu cơ; năng lực quản lý sâu bệnh hại của người dân còn hạn chế trong khi thiếu công cụ, quy trình canh tác tốt và khả thi… khiến các loại sâu bệnh hại trong đất đang có nguy cơ bùng phát và lan rộng trên nhiều loại cây trồng, vùng sinh thái khác nhau trên cả nước với mức độ ngày càng nghiêm trọng.
Đặc biệt, sâu bệnh trong đất đang gây hại nhiều trên các loại cây ăn quả, cây công nghiệp lâu năm, gây tổn thất lớn, điển hình như bệnh chết nhanh, chết chậm trên hồ tiêu; chết cây con trong giai đoạn tái canh cà phê; thối rễ sầu riêng; rụng lá cam quýt; thối rễ thanh long; héo vàng trên chuối; héo xanh vi khuẩn trên các cây họ cà, bầu bí…
Các loại sâu bệnh hại trong đất thường rất khó thực hiện biện pháp phòng trừ và hiệu quả phòng trừ thấp do không được phát hiện kịp thời, xử lý đúng lúc. Bên cạnh đó, trên một loại cây trồng, vào cùng một thời điểm có thể xuất hiện một hoặc nhiều tác nhân gây bệnh, gây ra một hoặc nhiều triệu chứng khác nhau, dẫn đến khó khăn trong việc áp dụng quy trình phòng trừ hiệu quả và làm gia tăng chi phí.
Các bệnh hại chủ yếu trên một số cây trồng chính như cháy lá và chết cây con (do Pythium, Phytophthora, Rhizoctonia, Sclerotium rolfsii và Fusarium sp) trên tất cả các loại cây như rau, hoa, cây trồng trên đồng ruộng, cây ăn quả và cây cảnh. Ví dụ họ cải, họ bầu bí, họ cà, họ đậu, họ cúc.
Bệnh thối rễ (do Pythium, Phytophthora, Rhizoctonia, Cylindrocladium, Phellinux spp, Rosellinia, Ganoderma, Armillaria,Pratylenchus) trên cây thân gỗ, rau, cây ăn quả và cây cảnh. Thối thân, thối ngọn, thối cổ rễ (do Phytophthora, Sclerotium, Rhizoctonia, Sclerotinia, Fusarium, occasionally Aspergillus niger, Erwinia) trên cây rau, cây trang trí, nấm.
Héo vi khuẩn, héo vàng (do Ralstonia, solanacearum, Fusarium oxysporum) trên rau, hoa, cây trồng trên đồng ruộng, cây ăn quả, cây cảnh. Bệnh vàng (do Fusarium, Namatode) trên cây rau và hoa. Sưng rễ (do Nematodes, Plasmodiophore) trên cây rau, các cây trồng thuộc họ cải, bầu bí, cà.
Mặc dù đã có nhiều nghiên cứu về tác nhân gây bệnh, tuy nhiên các nghiên cứu về quy trình phòng trừ hiệu quả vẫn còn hạn chế hoặc chỉ mang tính nguyên tắc của quản lý dịch hại tổng hợp (IPM); thiếu quy trình, công cụ phòng trừ hiệu quả, khả thi. Các biện pháp phòng trừ sinh học bền vững chưa được áp dụng rộng rãi, hiệu quả còn thấp.
Do đó, việc áp dụng biện pháp quản lý bệnh tích hợp (IDM) được xem là phương pháp tiếp cận toàn diện và bền vững được sử dụng trong nông nghiệp để kiểm soát bệnh thực vật.
IDM nhấn mạnh vào việc phòng ngừa, phát hiện sớm và sử dụng nhiều công cụ khác nhau để duy trì quần thể thực vật khỏe mạnh, đạt được năng suất tối ưu. Trong đó, các biện pháp quản lý chính gồm: Kiểm dịch thực vật, sử dụng các giống, gốc ghép kháng bệnh; canh tác (phơi ải, xông hơi đất, trồng nổi, luân canh cây trồng); thoát nước tốt; thuốc trừ bệnh tổng hợp, thuốc xông hơi, xử lý hạt giống; cải tạo pH đất (tăng cường sử dụng phân bón hữu cơ như một chất đệm; sử dụng chất cải tạo đất như vôi bột, than sinh học; sử dụng phân lân phù hợp); đẩy mạnh kiểm soát và sử dụng các chế phẩm sinh học (Trichoderma spp, Steptomyces spp)...