Sông Ngũ Huyện Khê thuộc hệ thống thủy lợi Bắc Đuống là công trình mà việc khai thác và bảo vệ liên quan đến tỉnh Bắc Ninh và thành phố Hà Nội. Bộ NN&PTNT phân giao nhiệm vụ quản lý cho UBND tỉnh Bắc Ninh (tại Thông tư số 05/2018/TT-BNNPTNT ngày 15/5/2018 của Bộ NN&PTNT).
Theo Bộ NN-PTNT, qua công tác thanh tra, kiểm tra và phản ánh của địa phương cũng như các đơn vị truyền thông cho thấy việc quản lý, bảo vệ công trình thủy lợi Bắc Đuống còn một số tồn tại.
Nguồn nước trên sông Ngũ Huyện Khê hiện đang bị ô nhiễm nghiêm trọng do nước thải chưa qua xử lý của các cơ sở sản xuất kinh doanh, nước thải sinh hoạt… Đặc biệt là nước thải tại các cơ sở sản xuất giấy thuộc cụm công nghiệp Phú Lâm (huyện Tiên Du) và cụm công nghiệp Phong Khê 1, Phong Khê 2 (TP. Bắc Ninh).
Trước tồn tại trên, Bộ NN-PTNT đã có văn bản đề nghị UBND tỉnh Bắc Ninh chỉ đạo Sở NN-PTNT, các cơ quan liên quan của tỉnh kiểm tra, xử lý các tổ chức, cá nhân vi phạm phạm vi bảo vệ công trình thủy lợi trên địa bàn tỉnh.
Bộ cũng đề nghị tỉnh Bắc Ninh yêu cầu các doanh nghiệp dừng ngay hoạt động xả thải chưa qua xử lý vào công trình thủy lợi Bắc Đuống. Cơ quan chức năng tỉnh Bắc Ninh rà soát tổ chức, cá nhân có hoạt động xả thải vào công trình thủy lợi Bắc Đuống và có biện pháp giải quyết dứt điểm tình trạng ô nhiễm nguồn nước sông Ngũ Huyện Khê. Xử lý nghiêm vi phạm đối với tổ chức, các nhân liên quan do hoạt động xả nước thải không đúng quy định pháp luật vào hệ thống công trình thủy lợi.
Ngày 22/2, Bộ TN-MT cũng đã ra văn bản đề nghị UBND tỉnh Bắc Ninh, trước mắt dừng ngay việc xả nước thải từ sông Ngũ Huyện Khê ra sông Cầu qua cống tiêu Đặng Xá.
Cùng đó, kiểm soát và điều chỉnh chế độ vận hành điều tiết nước cống tiêu Đặng Xá hợp lý, bảo đảm dòng chảy, không làm gia tăng ô nhiễm chất lượng nước sông. Đồng thời phối hợp chặt chẽ và thông tin cho UBND tỉnh Bắc Giang trước khi điều chỉnh cống tiêu Đặng Xá xả nước từ sông Ngũ Huyện Khê ra sông Cầu.
Tỉnh Bắc Ninh chỉ đạo Sở TN-MT cùng các sở, ngành liên quan khẩn trương rà soát, kiểm tra đột xuất xả nước thải của các cơ sở sản xuất tại làng nghề Phong Khê, cụm công nghiệp (CCN) Phong Khê và CCN Phú Lâm xả ra sông Ngũ Huyện Khê; xử phạt nghiêm đối các cơ sở vi phạm.
Trước đó, Báo Nông nghiệp Việt Nam cũng đã có nhiều bài phản ánh về tình trạng ô nhiễm trên hệ thống Bắc Đuống, đặc biệt là đoạn qua sông Cầu.