Theo dự báo, đỉnh lũ năm 2020 có khả năng xuất hiện vào khoảng cuối tháng 9, đầu tháng 10. Đỉnh lũ tại Tân Châu và Châu Đốc (An Giang) có khả năng dao động ở mức 3,40-3,80 m, dưới báo động 2. Tuy nhiên, cũng cần phải theo dõi chặt chẽ các biến động bất thường của thời tiết.
Trung tâm Dự báo Khí tượng thủy văn Quốc gia đưa ra cảnh báo: Cần quan tâm đến hai thời điểm về tình trạng lũ nội đồng đầu vụ và chính vụ. Lũ đầu vụ, sẽ ảnh hưởng đến việc thu hoạch vụ lúa hè thu trong năm, trực tiếp ảnh hưởng đến hệ thống bờ bao lửng. Lũ chính vụ, tác động đến các đê bao, bờ bao triệt để bảo vệ khu dân cư, lúa thu đông, rau màu và cây ăn trái.
Lũ nội đồng đầu vụ thường xuất hiện vào cuối tháng 7, mực nước dự báo đạt 2,3 m tại Tân Châu, như vậy mực nước lũ đầu vụ ở mức không cao. Mực nước lớn nhất từ 2-3 m chỉ tập trung ở đầu nguồn sông Cửu Long huyện An Phú, Phú Tân, thị xã Tân Châu (An Giang) và huyện Hồng Ngự, Tân Hồng, thị xã Hồng Ngự (Đồng Tháp). Các khu vực mực nước lớn nhất đạt 1-2 m chủ yếu tập trung ven sông Tiền, sông Hậu và khu vực ven biển Đông trong kỳ triều cường. Các khu vực ven biển Tây và sâu trong nội đồng mực nước lớn nhất dưới 1,0 m.
Dự báo đến 20/8/2020, mực nước lớn nhất đạt 2,50 – 2,80 m. Với dự báo như trên, mức lũ thấp hơn năm 2018 nên ít có khả năng ảnh hưởng đến các ô bao kiểm soát lũ tháng 8. Tuy nhiên, các diện tích sản xuất ngoài đê bao và chưa có đê bao cần thu hoạch trước thời gian này.
Lũ nội đồng chính vụ, với mức lũ chính vụ đạt +3,8 m tại Tân Châu, các huyện đầu nguồn An Phú, Tân Châu (An Giang) và Hồng Ngự, Tân Hồng, thị xã Hồng Ngự (Đồng Tháp) mực nước diễn biến từ 3,5-4,5 m, các khu vực khác mực nước lớn nhất dưới 3,5 m.